matlab画进化树分析图,系统发育（进化）树绘制小结

1.分析软件

很多很多软件，最常用的有：

Mega

PHYLIP

构建进化树一般的步骤是：序列比对，构树(距离法，独立元素法)，Booststrap验证。

通常如果是fasta序列，选用方法和软件直接构建就好。

如果要从vcf或hapmap等格式文件构建，则需要做一些处理。可以用类似SNPhylo的流程来处理，它支持VCF，HapMap和简单SNP数据格式作为输入。当你下载安装的时候，你会发现它用的也是PHYLIP，只是在构树前期做了一些文件的格式转换。

2.进化树美化和注释

一般来说，软件都会得到初始的进化树图和树文件，我们肯定不满足于原始的图形，需要做一些个性化处理。

注意事项：

树文件一般是nwk格式(Newick)，输出bootstrap值，是按括号的格式来存储信息的，如：

(((((Vietnam (Zaodao):0.1446564049,(((珍汕97:0.05176177621,RONGDAO4::IRGC63820-1:0.05245232582):......

所以物种名最好不要带有中英文括号、冒号等信息，否则发生意想不到的错误。中文最好也不要有。实在不能改名，可以一开始用自定义编号绘图，然后把对应的真实名称标注上去也行。

> tree

Error in FUN(X[[i]], ...) :

numbers of left and right parentheses in Newick string not equal

2.1 iTOL美化

可视化功能挺强大的一个网站https://itol.embl.de/

美化图形需要做的主要就是注释，比如物种的分类、多图形整合等。

先注册登录，然后上传树文件，在原始树的基础上，再进行注释，网页面板只能做一些简单的注释。鼠标点击图形也可查看节点、分枝等属性，右击即可设置属性。

image.png

若想做一些较为复杂的注释，需要额外写