本文首发于<计算模拟之道>公众号(ID:jsmnzd),更多的学习资料请关注公众号!
本文内容由中国科学院过程工程研究所的陈卫老师撰写,他的个人网址如下:http://emms.mpcs.cn/members/2932.php。
本文中,我们以NaCl晶体为例,介绍如何通过LAMMPS分子动力学模拟软件来计算晶体材料。我们首先要构建LAMMPS的原子构型文件,这里我们用到了LAMMPS的辅助软件之一Moltemplate,关于Moltemplate的使用方法,大家可以参考公众号中《LAMMPS之Moltemplate建模教程》一文的内容。因为晶体可以看作是原胞在三个维度上的周期性排列,我们只需要获得原胞的信息,即可以构建晶体的构型文件。晶体原胞的结构数据可以从网站https://materialsproject.org/ 上查得。需要注册一个帐号才能使用网站的数据。注册登陆之后,在网站的首页会看到一个元素周期表,用鼠标点击组成晶体的元素之后,点击“search”键,会出现由选中的元素可能组成的几种材料的化学式。