lammps教程:晶体建模之Atomsk方法(1)

每次进行lammps模拟都需要进行建模,前面几篇文章主要介绍了lammps自带的建模命令,比较简单的模型使用lammps建模比较方便。

如果模型比较复杂,建议使用其他建模软件,如MS、Atomsk等。

建模软件没有优劣之分,我们的目的就是建好模型,满足模拟需要就可以。

不同的建模软件适用范围也不一样,灵活搭配使用效果更好。

比如,我一般使用MS进行聚合物建模,使用Atomsk进行位错建模,并不局限于一种建模软件。

Atomsk可以自己建立晶胞,也可以使用网上下载的晶体cif文件进行扩胞。

Atomsk软件很小,没有可视化的操作界面,主要是通过命令行的形式进行建模。

只要掌握了常用的那几条命令基本上就够用了。

这个文章以建立长方形Al块为例介绍规则晶体的建模方法,主要的建模过程为:

1.下载安装Atomsk软件

以windows系统为例,新建一个文件夹存储建模文件,将安装目录里的Atomsk.exe文件拷贝到刚才新建的文件内。

开始菜单->cmd,打开命令行输入窗口,使用CD命令进入刚才新建的文件夹。

2.建立Al单胞
Al为fcc类型,晶格常数4.05,使用create命令建立一个Al单胞,结

在使用Atomsk进行建模替换时,可以使用命令"atomsk -remove-atom <index>"或者"atomsk -remove-atom <species>"来删除给定索引或者种类的原子。另外,也可以使用"atomsk -remove-atom select"命令来删除所选择的原子。\[1\] 例如,如果要替换原子生成合金结构,可以使用以下命令: ``` units metal dimension 3 boundary p p p atom_style atomic timestep 0.001 neighbor 0.2 bin read_data final.lmp set type 1 type/ratio 2 0.33 8793 set type 1 type/ratio 3 0.5 56332 #替换原子,1:1:1 write_data FeNiCr.data ``` 这个命令将会替换原子,生成合金结构,并将结果写入FeNiCr.data文件中。\[2\] 另外,如果想使用Atomsk建立管道类模型,可以使用命令"atomsk -roll <direction> <θ> <axis>"。这个命令可以根据指定的方向、角度和轴来建立管道类模型。\[2\] 希望以上信息对您有所帮助。如果还有其他问题,请随时提问。 #### 引用[.reference_title] - *1* *2* [lammpsatomsk中常用的建模方法](https://blog.csdn.net/qq_44963682/article/details/125883094)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] - *3* [Atomsk空位缺陷建模技巧](https://blog.csdn.net/lammps_jiayou/article/details/119208769)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] [ .reference_list ]
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