diamond软件_DIAMOND: 超快的蛋白序列比对软件

最新推荐文章于 2024-06-18 12:53:42 发布
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DIAMOND是比BLAST快500到20,000倍的蛋白序列比对软件，适用于普通台式机和笔记本。其特点包括资源消耗小、速度快和输出格式多样。安装简单，主要功能是对蛋白或翻译后的核苷酸与数据库进行比对。建库和搜索操作直观，提供blastp和blastx两个子命令。对于长序列，可通过调整参数提高敏感度，并通过设置降低输出联配数目，以优化性能。" 115277655,10641059,Facebook的Fairseq：高效序列建模工具包,"['自然语言处理', '深度学习', '机器翻译', 'Python库', 'Facebook AI']
摘要由CSDN通过智能技术生成

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今天用BLASTX将我的转录本序列在UniProt蛋白数据库(700w条序列)中搜索，80个线程，过了1小时大概就分析1000条吧。实在是有点慢，于是我想到之前耳闻的DIAMOND，据说速度非常快，于是我测试了下。没想到，这工具居然那么快。

根据DIAMOND介绍，它有以下特点

  • 比BLAST快500到20,000倍

  • 长序列的移框联配分析(frameshift alignment)

  • 资源消耗小，普通台式机和笔记本都能运行

  • 输出格式多样

我就看中它一点，速度快。

软件安装异常的简单，因为提供了预编译的64位可执行文件

wget http://github.com/bbuchfink/diamond/releases/download/v0.9.25/diamond-linux64.tar.gz

tar xzf diamond-linux64.tar.gz

# 有root全新啊</

最低0.47元/天 解锁文章
weixin_39703982
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