不用form提交数据_“不看会后悔”系列之——最新NCBI数据上传流程(二)

基因组De novo数据上传流程 (一)

上一期里,我们为大家分享了微生物组和转录组项目数据的上传流程。

作为组学研究的重头工作,基因组数据上传的流程更为琐碎细致,内容也更多,“难度系数”高到堪称“引无数英雄竞折腰~”。至今想来,当年大师兄在做数据上传时痛苦到抓耳挠腮的画面仍历历在目……

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不着急,从今天起,凌恩生物团队将为您带来最新版基因组De novo项目数据上传NCBI的超详细教程,帮您轻松扫除这个小障碍!一起来看吧~

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NCBI数据提交过程,网站 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/howto/submit-sequence-data/ 有非常详细的归纳和介绍:

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本文是基因组De novo数据上传NCBI的操作流程(对应于Genomic Assembly Submissions),适用于细菌、线粒体、叶绿体、质粒、噬菌体、病毒等小基因组。真核基因组的提交过程有一点细微的差别,但也可以借鉴。

1、注册NCBI账号

如果已经有账号,就跳过此步,直接登录。

如果没有,则进入数据提交网址,点击Sign in to NCBI,创建一个NCBI账号,方便跟进每一个基因组项目提交的进展,及后续更新、修改数据等。

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2、B

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转录数据是指对生物体中的转录本进行测序获得的RNA序列数据。将转录数据上传NCBI(National Center for Biotechnology Information)是为了共享和存档这些数据,以便研究人员可以进行后续的分析和比较。 首先,我们需要准备好转录数据的文件,通常是以FASTQ格式存储的序列数据文件。接下来,我们需要访问NCBI的网站,进入Gene Expression Omnibus(GEO)数据库。在GEO数据库中,我们需要创建一个新的实验以上传我们的数据上传数据的第一步是填写实验信息。这包括实验的名称、描述、样本信息等。我们需要提供足够的详细信息,以便其他研究人员可以了解实验的目的和样本来源。 接下来,我们需要上传转录数据文件。在GEO数据库的网站界面上,有一个可以选择文件上传的选项。我们可以选择转录数据文件所在的位置,并进行上传上传完成后,GEO数据库会对文件进行验证,确保数据的准确性和完整性。 最后,我们需要确认上传转录数据的相关信息,并提交验证。在提交之前,我们可以预览上传数据,检查是否正确并符合预期。一旦确认无误,我们可以点击提交按钮,将转录数据上传NCBI的GEO数据库中。 上传完成后,我们会收到一个与我们的数据关联的唯一标识符,可以用于引用和查找我们的数据。其他研究人员可以通过该标识符访问和下载我们上传转录数据,从而进行后续的研究和分析。 总之,将转录数据上传NCBI需要准备好数据文件,填写实验信息,上传数据文件,确认并提交上传。这样,我们的转录数据就可以在NCBI数据库中共享和存档,促进科学研究的进展。

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