NCBI数据上传（一）：扩增子测序数据

bioyigene

已于 2022-12-09 13:25:39 修改

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分类专栏： NCBI 数据上传文章标签：前端服务器 linux

于 2022-10-17 16:13:50 首次发布

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本篇文章把上传数据（扩增子测序）的步骤尽可能详细的整理出来，希望能对各位科研工作者有所帮助。其它类型数据上传讲解将依次在后续推文中奉上，大家持续关注哦！

1.注册及登录账号

1）注册一个NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）网页：按照提示填写账号、密码、邮箱等信息。

2）登录账号，点击左上角的NCBI大图标回到NCBI的主页，然后点击图中Submit按钮进入提交数据页面。

2.生成Biosample编号

1）进入Submit界面之后点击Make a selection的小三角，选择Biosample，点击GO。（提交数据前必须先把样品信息录入生成Biosample编号。

2）在下一个界面中点击蓝色按钮New submission。

3）进入如下页面，根据实际情况填写提交者的信息：包括姓名，邮箱（需要填写一个以单位后缀邮箱），学校学院，单位地址，填写完成点击Continue。

4）接下来填写数据释放的时间，可选择立即释放，也可选择指定日期；下一个选项选择batch/Multiple Biosamples，然后点击Continue即可。

5）接下来选择样品类型Sample Type，通常的微生物多样性样品选择第四个选项Metagenome or environmental sample，特殊的样品类型也可根据实际情况选择。然后点击最下方的Continue。

6）接下来填写样品信息Attributes，在线填写和上传excel文件都可，小编习惯下载他们的模板填写后上传的方式：点击第二个选项，然后Download Excel。

7）打开该Excel，文件如下，以本次提交的3个样品为例，其中绿色的栏目为必填项，如果不知道具体信息就填写“not collected”，填的越详细NCBI审核的速度会越快，如果都填“not collected”也可以，不过NCBI反馈给你Biosample编号会慢一些，大约需要2-3天。

8）上传之后就可以点击Continue进入下一个关卡了。值得注意的是，很多同学在点击Continue后会报错，网站提示有重复样品名称（但实际上表格里没有重复），这时候您需要在之前的excel表的最后一列再加一列replication，赋予每个样品不同的重复值即可，然后再次上传即可进入下一步。

9）接下来就是生成BioSample的最后一步，确认信息后点Submit即可。

10）接下来要做的就是坐等NCBI的邮件，第一封邮件是点击Submit后自动发送的，可以忽略。我们需要等的邮件是包含Biosample编号的邮件，如下图所示。这封邮件里会详细说明您的每个样品跟Biosample accession号的对应关系，后续上传raw data需要用到。

3.raw data上传

1）待收到BioSample编号之后，我们要再次登录NCBI，进入Submit界面，这次我们选择Sequence Read Archive(SRA)，然后点击New submission进入最后的数据上传关卡。

2）同样的，第一步填写个人信息。

3）填写通用信息，这里我们没有注册Bioproject号，所以选择No（也可以单独申请Bioproject编号，小编认为那样操作有点繁琐）。Biosample这里要选择yes，Release date根据需要选择即可。点击Continue。

4）接下来到了Bioproject阶段，根据实际项目内容填写项目的摘要，简单的几个词描述一下就可以了。后边的几个选项没有特殊情况的话第一个选择No，其他的不填即可。然后Continue。

5）跟Biosample差不多，也需要填写一个表格，在线填写和下载模板填写再上传一样的，小编以下载Excel表格填写为例。

6）这个表格是这个样子的：biosample accession编号就是邮件里的编号，library_ID这里可以自行命名只要不重复即可。剩下的选项如图所示，通常情况是这样填写，在filename那里，请各位同学一定要保证跟后续要上传的文件名完全一致，并且不能有“,”、“-”等奇奇怪怪的符号，如果有可以改成下划线“_”或者删掉。