python画circos图_从零开始学CIRCOS绘制圈图(四)

从零开始学CIRCOS绘制圈图(一)

从零开始学CIRCOS绘制圈图(二)

从零开始学CIRCOS绘制圈图(三)

通常circos的中间部分不是空白区域，会用一条条线进行连接，表示两个染色体部分区域有关系，也就是共线性了。

数据格式

对于link，circos要求输入数据至少有6列，分别是 chr1 start1 end1 chr2 start2 end2[options]

举个例子

chr1 1000000 2000000 chr5 3000000 4000000

构建输入

这次会以A. lyrata 和 A.thalina的基因组为例，利用JCVI来构建Circos的输入.

新建一个项目文件夹

mkdir -p ath_aly && cd ath_aly

如果没有安装jcvi，用conda进行安装

conda create -n jcvi jcvi

conda activate jcvi

conda install last scipy

wget https://raw.githubusercontent.com/tanghaibao/jcvi-bin/master/bin/scip

chmod 755 scip

mv scip ~/miniconda3/bin

数据下载

从http://plants.ensembl.org/index.html分别下载这两个物种的GFF文件和CDS序列，

# Athaliana

wget ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-44/fasta/arabidopsis_thaliana/cds/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.cds.all.fa.gz

wget ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-44/gff3/arabidopsis_thaliana/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.44.gff3.gz

# Alyrata

wget ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-44/fasta/arabidopsis_lyrata/cds/Arabidopsis_lyrata.v.1.0.cds.all.fa.gz

wget ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-44/gff3/arabido