从零开始学CIRCOS绘制圈图(一)
从零开始学CIRCOS绘制圈图(二)
从零开始学CIRCOS绘制圈图(三)
通常circos的中间部分不是空白区域,会用一条条线进行连接,表示两个染色体部分区域有关系,也就是共线性了。
数据格式
对于link,circos要求输入数据至少有6列,分别是 chr1 start1 end1 chr2 start2 end2[options]
举个例子
chr1 1000000 2000000 chr5 3000000 4000000
构建输入
这次会以A. lyrata 和 A.thalina的基因组为例,利用JCVI来构建Circos的输入.
新建一个项目文件夹
mkdir -p ath_aly && cd ath_aly
如果没有安装jcvi,用conda进行安装
conda create -n jcvi jcvi
conda activate jcvi
conda install last scipy
wget https://raw.githubusercontent.com/tanghaibao/jcvi-bin/master/bin/scip
chmod 755 scip
mv scip ~/miniconda3/bin
数据下载
从http://plants.ensembl.org/index.html分别下载这两个物种的GFF文件和CDS序列,
# Athaliana
wget ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-44/fasta/arabidopsis_thaliana/cds/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.cds.all.fa.gz
wget ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-44/gff3/arabidopsis_thaliana/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.44.gff3.gz
# Alyrata
wget ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-44/fasta/arabidopsis_lyrata/cds/Arabidopsis_lyrata.v.1.0.cds.all.fa.gz
wget ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-44/gff3/arabido