科研绘图系列:R语言circos图(circos plot)


介绍

Circos图是一种数据可视化工具,它以圆形布局展示数据,通常用于显示数据之间的关系和模式。这种图表特别适合于展示分层数据或网络关系。Circos图的一些关键特点包括:

  1. 圆形布局:数据被组织在一个或多个同心圆中,每个圆可以代表不同的数据维度或层次。
  2. 扇区:每个圆被划分为若干扇区,每个扇区可以代表一个数据项或类别。扇区的大小、颜色或标签可以表示数据的不同属性。
  3. 链接:数据项之间的连接可以用线条或曲线表示,显示它们之间的关系或相互作用。
  4. 交互性:虽然传统的Circos图可能不具备交互性,但现代的实现(如使用R语言的Circos包)可以增加交互功能,允许用户通过鼠标悬停或点击来获取更多信息。

加载R包

knitr::opts_chunk$set(warning = F, message = F)
library(tidyvers
### 使用 R 语言绘制放射状条形 为了在 R 中创建放射状条形,可以利用 `circlize` 包中的功能来实现这一目标[^1]。下面是一个详细的说明以及相应的代码示例。 #### 安装并加载必要的包 首先需要安装和加载所需的库: ```r install.packages("circlize") library(circlize) ``` #### 准备数据集 准备用于绘图的数据向量或表格形式的数据框。这里以简单的数值序列作为例子: ```r data <- c(30, 45, 60, 75, 90) names(data) <- LETTERS[1:length(data)] ``` #### 绘制基本形框架 初始化圆形布局,并设置一些全局参数以便更好地展示表效果: ```r circos.par(start.degree = 90, gap.degree = 5, track.margin = c(-0.1, 0)) par(mar = rep(0, 4)) # Remove margins around plot area ``` #### 创建放射状条形 通过调用特定函数完成实际的可视化工作: ```r radial.barplot <- function(values, labels){ xlim = c(-max(abs(values)), max(abs(values))) circos.initialize(factors = factor(labels), xlim = xlim) for(i in seq_along(values)){ circos.trackPlotRegion( sector.index = i, bg.border = NA, panel.fun = function(x, y){ circos.barplot( values[i], border = "white", col = heat.colors(length(values))[i] ) } ) } title(main="Radiant Bar Plot Example", line=-2, outer=TRUE) } radial.barplot(as.numeric(data), names(data)) ``` 上述代码片段展示了如何构建一个基础版本的放射状条形,在此基础上还可以进一步调整样式和其他属性以满足具体需求[^1]。
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