蛋白对接_[多肽]14个对接软件对蛋白 - 多肽结合的综合测评

今天介绍一篇JCTC发表的系统评测蛋白质和多肽进行分子对接计算的软件的文章，两位通讯作者分别是中南大学湘雅药学院的曹东升副教授和浙江大学药学院的侯廷军教授。

大量的蛋白-蛋白相互作用由蛋白和多肽片段的结合所介导，确定蛋白-多肽的相互作用对开发多肽基础的药物具有重要意义。时至今日，已经有多个蛋白-多肽相互作用计算软件，但并没有系统的性能评估报道。

本文中作者收集了185个蛋白-多肽复合物，建立测试集合PepSet，其中多肽的长度覆盖5-20个氨基酸。作者在此测试集上对14种常见对接软件，包括：三个蛋白-蛋白对接软件（ZDOCK, FRODOCK, and HawkDock），三个蛋白-小分子对接软件（GOLD, Surflex-Dock, and AutoDock Vina），以及八个蛋白-多肽对接软件（GalaxyPepDock, MDockPeP, HPEPDOCK,CABS-dock, pepATTRACT, DINC, AutoDock CrankPep (ADCP), HADDOCK peptide docking）。同时为了比较不同的软件，作者提出新的评分IL_RMSD，用天然接触对的比例来描述对接精度。

在全局对接中，HPEPDOCK表现最佳，其结果在top1, top10和top100级别中分别达到4.3%, 24.3%和55.7%的水平。而在局部对接中，ADCP得到最好预测，在top1, top10和top100级别中分别达到11.9%, 37.3%和70.3%的水平。同时作者发现，蛋白-多肽对接软件的表现普遍好于蛋白-蛋白和蛋白-小分子对接软件，用多种不同初始构象进行对接是成功的关键；而对于不同长度的多肽，局部对接中：ADCP对短肽5-10表现最好，而对中等11-15和长的多肽16-20，GOLD_HA和MDockPeP分别表现最好。

对于需要较大构象变化的的多肽对接，依然是具有挑战的课题，作者的工作可以为进一步提高蛋白-多肽结合的预测算法提供帮助。

参考文献

ComprehensiveEvaluation of Fourteen Docking Programs on Protein−Peptide Complexes来源

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