蛋白对接_十种蛋白质配体分子对接软件性能的综合评估

网络药理学研究中，通常需要预测中药小分子的作用靶标，并对重要靶标进行实验验证。在实验验证前，先用分子对接软件估计预测的靶标与小分子的结合强度，可以减少实验的盲目性。分子对接是现代结构药物设计中最常用的计算方法之一，它不仅可以用来识别结合于靶蛋白活性口袋中的配体的正确构象，而且可以用来估计靶蛋白与配体之间的相互作用强度。现在已有很多分子对接软件，如何选择合适的软件是我们面临的问题。

这里介绍一篇关于分子对接软件性能评估的文献：

Zhe Wang,Huiyong Sun,Xiaojun Yao,Dan Li,LeiXu,Youyong Li,Sheng Ti and Tingjun Hou.  Comprehensiveevaluation of ten docking programs on a diverse set of protein-ligandcomplexes: the prediction accuracy of sampling power and scoring power. Phys.Chem.Chem.Phys.,2016, 18, 12964-12975.

本文以PDBBind数据库(2014版)中2002个蛋白质-配体复合物结构作为测试数据集，系统地评估了十个对接软件的性能，包括五个商业软件(LigandFit、Glide、GOLD、MOE Dock和Surflex-Dock)和五个学术软件(AutoDock、AutoDock Vina、LeDock、rDock和UCSF DOCK)。十个软件的基本情况见下表：