Cluspro蛋白蛋白对接教程

Cluspro以一款学术免费的蛋白-蛋白刚性对接程序，该程序由博士顿大学开发并部署在服务器，以便大家注册后使用，也可以将程序下载到本地进行部署计算。

注意！！！

该软件只对学术用户免费，商业用户是收费的，怎么收费不清楚。

同时，schrodinger软件的蛋白-对接模块就是使用的该软件。

今天带大家了解一下这软件的使用。

首先打开Cluspro :https://cluspro.bu.edu/注册用户名和密码，然后登陆

登陆后的界面，本次教程中使用1QQU作为受体，1BA7作为配体，需要提前将两个蛋白质下载到本地，下载的时候可以看到1BA7 有多条链，本教程使用B链，ClusPro还提供了许多高级选项来修改对接参数。这些参数去除非结构化蛋白质区域、应用吸引或排斥、考虑成对距离限制、构建同型多聚体、考虑小角 X 射线散射 (SAXS) 数据以及肝素结合位点的位置。根据蛋白质的类型，可以使用六种不同的能量函数。与每个能量参数集对接会产生十个模型，这些模型由低能量对接结构的高密度集群中心定义等等，感兴趣的老师可以研究下，在这里直接点击DOCK提交任务 

提交任务后会跳转到任务排队界面，看到别人的和自己的任务排队情况，点击自己的ID可以进去查看进度，大约半小时以后可以结束

 点击resault查看已经结束的任务，点击ID进入结果查看

默认显示前 10 个模型。在前10名中找不到令人满意的结合体，则可以更改显示的模型数量。

 

 也可以将结果下载下来用pymol打开，可以看到，配体（蓝色）准确地预测了1avx中的胰蛋白酶抑制剂结合胰蛋白酶的位置

 

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