分子动力学模拟软件_聚合物体系的模拟方法与应用

概述

聚合物材料建模与聚合物工程的热-力学和其他性质的模拟，与无机材料、有机小分子材料有很大的不同，一方面，聚合物分子巨大的分子量和链内巨大的自由度给原子级的建模和计算带来很大的困难；另一方面，聚合物体系有许多独特的热-力学特性，例如玻璃化转变、粘弹性和动态模量等等；聚合物链段与其他链段、小分子、表面、纳米粒子的相互作用也与其他有机物体系区别很大。

QuantumATK 提供了友好的工具支持构建各种聚合物模型，例如热塑性聚合物，线性的均聚物、共聚物，聚合物熔体、嵌入小分子的聚合物、与纳米粒子、表面结合模型，等等。构建的聚合物模型可以直接使用软件提供的多种方法（基于Dreiding、OPLS-AA力场）进一步的平衡化，包括使用 force-capped-equilibration 作为初始平衡化方法、single-chain mean field（SCMF）方法、21步聚合物平衡化自动化流程工具，等等。平衡化后的聚合物可以用多种工具进行性质模拟，例如 NVE、NVT、NPT 系综的分子动力学（MD），用来模拟长时域动力学的 time-stamped force-bias Monte Carlo 方法，以及用于模拟热传导的非平衡态动量交换方法。

常用工具

• 自动化无定形聚合物模型建模工具
• 支持图形用户界面（GUI）和 Python 脚本的自动化工具
• 丰富的模拟方法
• 自动力场生成，支持
  • DREIDING
  • OPLS-AA

• 电荷平衡化可以使用 Qeq 和 ReaxFF 电荷平衡化方法
• 参考链接：
  • 聚合物建模教程
  • 聚合物模拟相关的工具