火山图 多个样本、_免费生信在线工具：火山图，GSEA，生存期做起来~

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为何要求解“A基因通过B通路调控C疾病的D功能”这个公式？1、这个是一个课题的万能公式，绝大部分课题都可以分解至少一个或多个这样的公式。2、公式中的ABCD体现了一个课题的创新性，也就是文章的亮点。3、依靠这样的公式，我们可以很轻松的提出国家自然科学基金的科学假说，也能屡清楚课题中的关键点。下面的教程有 1、 差异基因火山图 2、基因表达相关生存期图&ROC曲线 3、基于GSVA分析的基因功能预测 差异基因火山图 视频教程这个模块主要实现某肿瘤差异基因的筛选。小站工具这里的数据来源是TCGA的level 3数据，分析流程按照Read Counts to DESeq2分析，对照是Tumor VS Normal。要说明的是Normal是TCGA项目中的对照，而不是用GTEx做为对照。 基因表达相关生存期图&ROC曲线 视频教程这个模块主要实现某个基因与某肿瘤总体生存期的关系。数据来源同样是TCGA，根据基因的表达量做单因素Cox分析，另外还选择了1年，3年和5年的时间点做了ROC曲线以及AUC计算。 基于GSVA分析的基因功能预测 视频教程这个模块主要实现了对某一个基因功能预测，并采用火山图的形式进行可视化。当确定研究某个基因的时候，可以用这个模块去预测基因与通路的相关性，与生物学功能的相关性。这里的基因集涵盖了所有GSEA中的基因集，通过分析样本中基因表达量与基因集指数的关系，能够推测出该基因在某条通路或者与某个具体基因作用机制的关系。这里的数据同样是使用TCGA基因表达谱数据，利用GSVA分析工具，得到样本中基因集指数。

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如何求解“A基因通过B通路调控C疾病的D功能”这个公式？

1、公式中的C很容易确定，这里是肿瘤数据，所以根据自己的领域选择一个肿瘤(由于站长服务器资源有限，现仅开放甲状腺癌，肝癌，肺腺癌，肺鳞癌与乳腺癌的数据)。 2、对于A基因的选择是很重要的，如果你是从头开一个课题，建议结合第一和第二模块的数据一起选择。一个基因机制再复杂也需要有临床上的意义作为支撑，所以不要单纯看表达量高低，还要结合临床生存期的数据。3、对于B和D，可以在GSVA中进行预测，这里需要输入基因的ID也就是ENSG开头的，然后自己去选择通路就可以了。通过这样三个步骤，我们就解答了ABCD的问题。

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