软件工程之数据流图和数据字典_TCGA数据分析系列之火山图的多种做法

前面我们做了TCGA的差异分析，并且用ggplot2验证了差异分析的准确性，TCGA差异分析及ggplot作图验证，而差异分析后一般会又热图和火山图，热图我们之前也有说过热图系列1，R语言学习系列之“多变的热图”，今天我们来了解一下火山图的画法

加载数据

加载差异分析的结果

rm(list = ls())
load(file='limma差异分析结果.Rda')
library(ggplot2)
class(DEG_limma_voom)
volcano<-DEG_limma_voom

数据处理

我们先把差异分析结果增加一列，以区分上调下调和无差异的基因。我们以adj.P.Val < 0.05，logFC>2或者logFC<-2作为有明显差异的基因

volcano$type[(volcano$adj.P.Val >