火山图绘制

火山图绘制

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图图云平台 需要注册 之前免费时用过，挺好用，单说火山图，还是值得推荐。

这里介绍的是使用R包ggplot2进行作图
#网上看了很多版本,都没有做出图,可能是我技术问题。。。

一、数据准备

一般只需要三列即可

Gene	log2FC	Pvalue
CL1.Contig1_All	0.186792738	0.794382724
CL1.Contig2_All	0.444612104	0.612164074
CL1.Contig3_All	0.561712843	0.586341681
CL1.Contig4_All	0.487562797	0.643416936
CL10.Contig1_All	0.166696619	0.949855388
CL10.Contig2_All	-0.576610689	0.423068912
CL10.Contig3_All	-1.026451616	0.218850061
CL10.Contig4_All	-0.967112441	0.581305649
CL10.Contig5_All	-0.496048226	0.413217481
CL10.Contig6_All	0.094703465	0.95291099
CL100.Contig1_All	-0.449161842	0.66319237
CL100.Contig2_All	-0.934968596	0.320677833
CL100.Contig3_All	-0.7344751	0.443546859
CL1000.Contig1_All	-0.096483628	0.956271121
CL1000.Contig2_All	-0.172760802	0.909067134

二、R包加载

#加载ggplot2包
library(ggplot2)
#设置出图文字格式为Times New Roman
windowsFonts(RMN=windowsFont("Times New Roman"))
#读取文件
a=read.table("C:/Users/Administrator/Desktop/0.5.GeneDiffExp.xls",header=T)
#将数据中的Pvalue转化为log10pvalue
log10pvalue = -log10(a$Pvalue)
#设置横纵坐标，数据点大小及X轴取值范围
ggplot(a, aes(log2FC,log10pvalue))+
  geom_point(size = 2)+
  scale_x_continuous(limits = c(-20, 20))

继续。。。

#计算上下调
a$expression<-ifelse(a$log2FC >= 1 & a$Pvalue < 0.05,"Up-regulated",
                      ifelse(a$log2FC <=-1 & a$Pvalue < 0.05,"Down-regulated","Unchanged"))

通过head()命令查看是否计算完成

head(a)

三、出图

ggplot(a, aes(log2FC,log10pvalue))+
  geom_point(size = 2,
  aes(color = expression))+ 
  scale_x_continuous(limits = c(-20, 20))+
    #添加辅助线
  geom_hline(yintercept=-log10(0.05),linetype=4)+
  geom_vline(xintercept=c(-1,1),linetype=4)+
  xlab(expression("log"[2]*" fold change"))+
  ylab(expression("-log"[10]*" p-value"))

四、美化加保存

修改上下调基因集的颜色

ggplot(a, aes(log2FC,log10pvalue))+
  geom_point(size = 2,
  aes(color = expression))+ 
  scale_x_continuous(limits = c(-20, 20))+
  geom_hline(yintercept=-log10(0.05),linetype=4)+
  geom_vline(xintercept=c(-1,1),linetype=4)+
  xlab(expression("log"[2]*" fold change"))+
  ylab(expression("-log"[10]*" p-value")) + 
  scale_color_manual(values = c("green","grey","red"))

ggsave("C:/Users/Administrator/Desktop/volcano.jpg", dpi=600)
ggsave("C:/Users/Administrator/Desktop/volcano.pdf" )

参考
R语言绘制火山图
R语言修改颜色
R软件-ggplot2 画火山图
学习大神使用R画火山图详细步骤
使用R语言画火山图详细步骤