blastn 输出结果每列啥意思_如何看懂NCBI BLAST输出结果

如何看懂NCBI BLAST输出结果

2010-11-13 10:38:11| 分类：生物信息分析| 标签：blast |字号大中小订阅

本文转自：http://www.doczj.com/doc/72610480ec3a87c24028c477.html/bio/?p=1632

写在解读报告之前的，首先就使用Blast最终的目的是什么达成一致，Blast 是通过两两比对，找到数据库中与输入序列最相似的序列，或者说是最相似的序列片段。那么我们看比对结果就是看Blast从数据库中找到哪些相似的序列，然后就是如何相似，这些相似又可以告诉我们哪些信息等。当然Blast可以衍生出许多的用途，但都是建立在找到相似性序列(片段)的基础上的。

最新的BLAST结果报告解读，本文以BLASTP为例子，说明如何来解读BLAST 结果。

示例

BLAST地址：

http://www.doczj.com/doc/72610480ec3a87c24028c477.html/Blast.cgi?PROGRAM=blastp&BLAST_PROGRAMS=b lastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC=blasthom e

比对用的例子：

>gi|16758036|ref|NP_445782.1| ribosomal protein L21 [Rattus norvegicus] MTNTKGKRRGTRYMFSRPFRKHGVVPLATYMRIYKKGDIVDIKGMGTVQKG MPHKCYHGKTGRVYNVTQH AVGIIVNKQVKGKILAKRINVRIEHIKHSKSRDSFLKRVKENDQKKKEAKEKG TWVQLNGQPAPPREAHF

VRTNGKEPELLEPIPYEFMA

数据选择：nr

比对时间：2009年9月9日12:46:23

解读报告前需要掌握的概念：

alignments 代表比对上的两个序列

hits 表示两个序列比对上的片段

Score 比对得分，如果序列匹配上得分，不一样，减分，分值越高，两个序列相似性越高

E Value 值越小，越可信，相对的一个统计值。

Length 输入序列的长度

Identities 一致性，就是两个序列有多少是一样的

Query 代表输入序列

Sbjct 代表数据库中的序列

结果详细说明

菜单与基本信息