NCBI BLAST以及 BLAST+ 工具集介绍

NCBI BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是用于生物序列比对的基础工具集，通过在已知数据库中搜索相似序列来推断生物学意义。BLAST+ 是其升级版，使用改进的算法和更高效的命令行工具，便于安装、使用和定制。它适用于核酸和蛋白质序列，提供了多种子工具来满足不同需求。

BLAST+ 工具集

BLAST+ 提供了一系列命令行工具，主要包括：

1. blastn：用于核酸序列比对。
2. blastp：用于蛋白质序列比对。
3. blastx：核酸序列翻译成蛋白质后与蛋白质数据库比对。
4. tblastn：蛋白质序列与翻译的核酸数据库比对。
5. tblastx：翻译的核酸序列间进行比对。
6. psiblast：基于位置特异打分矩阵（PSSM）的蛋白质序列比对，适合远缘同源序列搜索。
7. rpsblast/rpstblastn：基于反向位置特异打分矩阵（RPS）的比对，用于结构域和基因功能预测。

此外，还有用于管理数据库和结果格式的工具，例如 makeblastdb、blastdbcmd 和 blast_formatter。

主要工具与功能说明

1. makeblastdb