分子动力学模拟软件_分子模拟软件Discovery Studio教程(二十)：多点氨基酸同时突变提高结合亲和力...

Discovery Studio™ (简称DS)是专业的生命科学分子模拟软件，DS目前的主要功能包括：蛋白质的表征（包括蛋白-蛋白相互作用）、同源建模、分子力学计算和分子动力学模拟、基于结构药物设计工具（包括配体-蛋白质相互作用、全新药物设计和分子对接）、基于小分子的药物设计工具（包括定量构效关系、药效团、数据库筛选、ADMET）和组合库的设计与分析等。

上期的教程中，我们进行了对一个蛋白-配体复合物进行基于相互作用力的虚拟氨基酸突变。本期利刃君为大家带来借助Discovery Studio多点氨基酸同时突变提高酶与底物的结合亲和力教程。操作方法与上期教程中基本类似。

多点突变

1.导入蛋白在文件浏览器中，点击Samples>Tutorials>Receptor Ligand Interaction中的1aq1.pdb，双击打开。

• 实际操作中导入目标蛋白即可

2.处理蛋白此步可参照之前的教程。

删除蛋白中的水分子，并将配体重命名为Ligand；

在工具栏中，点击Macromolecules>Prepare Protein>Clean Protein对蛋白的结构进行预处理。

3.多点突变在工具栏中，点击Simulation>Change Forcefield>Apply Forcefield，将蛋白赋上CHARMm 力场。

在系统视图中，选中Ile10、Phe80、Phe82这三个氨基酸。

在工具栏中，点击Macromolecules>Design Protein>CalculateMutation Energy (Binding)。

设置Input Typed Molecule为1aq1:1aq1。设置Ligand Chain为1aq1:Ligand_2。设置Mutation Site为Triple Mutations。

点击Mutantions 参数栏右侧的...，在弹出的对话框中选择如下突变方式：Ile10>>MET、Phe80>>Trp、Phe82>>Tyr，点击OK。

点击Run运行任务。4.结果查看任务完成后，打开Report页面，点击Results 栏中Mutation Energy Terms 链接。

在表格中双击Mutation Energy 表头，使结果由突变能从低到高进行排列。

由表格可知，三点同时突变后，突变能为-0.53，亲和力增强。通过多点同时突变技术，我们能够考虑多点突变的协同效应对亲和力的影响。

以上就是利刃君为大家带来的借助Discovery Studio进行虚拟氨基酸突变提高结合亲和力的教程啦~