python绘制基因结构图_使用Python绘制GWAS分析中的曼哈顿图和QQ图

【前言】其实这篇文章是为了简单介绍一下geneview的用法，它是一个Python高级库，建立在matplotlib的基础之上，专门用于基因组数据的可视化，目的是为了使创建高大上(精致)的基因组数据图表变得简单。目前该发布的Python包中已经内置多个优美的调色板和风格(默认情况下就能创建赏心悦目的图形)，同时已经集成了曼哈顿图和Q-Q图的绘制函数。作为该Python包的主要开发者，只是如此是远远不够的，在未来的日子里，我希望它能在功能不断完善的同时也变得更加易用。

曼哈顿图和QQ图是两个在全基因组关联(GWAS)分析里面最常出现的图形，基本上已经是GWAS的标配，几乎在每篇GWAS的文章都会见到，它们的作用和所要传达出来的信息我也在[上一篇关于GWAS的博文]()中做了些说明，在这里我们就只集中在如何用Python和geneview将其有效地展现出来。

首先，准备一些数据来作为例子。

我这里用来展现的数据是2011年丹麦人所做过的一个关于年轻人过度肥胖的GWAS研究——GOYA，数据也是从他们所发表的结果中获得，总共有5,373个样本，其中超重的个体(case)有2,633个，正常的个体(control)是2,740个，从样本量上看还算可以。为了方便使用，我对其做了相关的处理，包括从PED和MAP文件到GEN文件的生成，并重复了一次case-control的关联性分析，计算出了芯片上所研究的各个SNP位点与肥胖相关的显著性程度(即p-value)，最后又将结果数据抽取出来做成数据集——放在这里供下载(15.6Mb，csv格式)。以上内容虽提及到了一些领域内术语和相关文件格式，但若不懂也请不必纠结，因为后续处理都是基于这个最终的数据集来完成的

接着，需要将geneview软件包加入到你的Python中，有多种不同的方式，但推荐直接使用pip，以下是安装比较稳定的发布版，直接在终端命令行下(Linux or Mac)输入：pip install geneview

或者，也可以直接从github上安装正在开发的版本：pip install git+git://github.com/ShujiaHuang/geneview.git#egg=geneview

第三种办法就是直接下载源码࿰