python绘制基因结构图_从 gff 到 gggenes 绘制基因结构图

gffutils 是一个用来解析 gff 文件的 Python 包，可以十分方便地获取 gff 文件中的相关信息。gggenes 是 ggplot2 的扩展包，用于绘制基因结构图、多物种基因比较图的很好玩的工具。两个工具联用可以实现从 gff 数据获取到基因结构图绘制的全过程。

对 gff 原始数据进行处理

安装 gffutils

使用 conda 或者 pip 进行安装。

conda install gffutils

pip install gffutils

gff 文件预处理

对 gff 文件进行预处理，截取包含所需基因的 gff 内容。建议在 Linux 中使用 sed 命令完成。如果进行比较基因组工作，需要将各基因组数据合并到一个 gff 文件中。

程序调用

下载 gff2gggenes.py 到本地。

Windows 中利用 powershell 调用程序：

python .\gff2gggenes.py example.gff

python .\gff2gggenes.py example.gff sub

Linux 中利用 console 调用程序：

python ./gff2gggenes.py example.gff

python ./gff2gggenes.py example.gff sub

根据安装 Python 的版本不同，可能需要将“python”替换为“python3”。

不添加 sub 参数，表示只将各基因的情况进行输出；添加 sub 参数，表示同时输出各基因子区域(例如：mRNA、CDS等，与 gff 文件内容有关)。

结果输出

界面显示“完成”表示程序运行成功。