seurat提取表达矩阵_GPL17586、GPL19251和GPL16686平台芯片ID转换

芯片分析中经常会遇到Affymetrix Human Transcriptome Array 2.0芯片,由于目前还没有现成的R包可以用，因此分析方法也不统一。见生信技能树Jimmy老师HTA2.0芯片比较麻烦，其实这类常见的有3个平台，3种类型：

GPL17586 [HTA-2_0] Affymetrix Human Transcriptome Array 2.0 [transcript (gene) version]

GPL19251 [HuGene-2_0-st] Affymetrix Human Gene 2.0 ST Array [probe set (exon) version]

GPL16686 [HuGene-2_0-st] Affymetrix Human Gene 2.0 ST Array [transcript (gene) version]

对于这三种平台可以去Affymetrix的官网去查看其区别，也可以去NCBI去查看。

一、获得芯片平台信息文件

通常基因芯片分析，一般要下载其平台信息。一般来说我们下载GPL是为了得到芯片的探针对应基因ID的关系列表。详情可以了解：解读GEO数据存放规律及下载，一文就够一文就够-从GEO数据库下载得到表达矩阵首先是GPL17586平台的芯片，下载其对应的平台文件GPL17586.soft.gz，这类文件通常都比较大，加上国内下载速度太慢，通常都是等了很久，还是下载不了。

查看GPL17586平台下单个的GSE对应的GSEXXX.soft.gz文件，发现其信息与GPL17586.soft.gz相同；下载单个GSE对应的soft文件后，同样可以做id转换。

下面以GPL17586平台下的GSE110359为例，进行id转换，首先是下载GSE110359