gromacs-分子动力学

分子动力学模拟是分子模拟中最接近实验条件的模拟方法，能够从原子层面给出体系的微观演变过程，直观的展示实验现象发生的机理与规律，促使我们的研究向着更高效、更经济、更有预见性的方向发展。分子动力学可以解决和研究DNA的折叠和性质、蛋白与配体的识别机制、跨膜蛋白的工作机理、蛋白酶与底物的反应、蛋白与蛋白的耦合、比较野生型与突变蛋白的不同特性、蛋白折叠的机制问题（控制温度，使蛋白自行折叠和去折叠）等。

GROMACS程序入门
一、 GROMACS 程序入门

1、主要算法介绍：最速下降法、共轭梯度法、有限差分法

2、力场介绍：AMBER、CHARMM、MMX、CVFF、OPLS；力场类型、参数和分类

3、基础知识：积分迭代器、积分步长选取、温度控制、压力控制、周期性边界条件

4、模拟基本流程：能量最小化、NVE弛豫、NVT控温、NPT控压、MD平衡模拟

5、计算化学基本概念：范德华表面、分子表面、接触表面、溶剂可及表面、势能面

实战演练：

1、Linux入门操作及方法

2、并行环境搭建

3、win版、linux版编译安装及运行

4、GROMACS文件类型：PDB、GRO、TOP/ITP、XVG、MDP

5、 力场概念、分类及力场参数修改：——探究力场具体形式，为以后创建自己体系做准备，以OPLS为例，力场的各种参数说明及修改

GROMACS在生物体系建模中的应用
二、生物体系建模

6、辅助工具软件:Packmol、GaussView、vmd、Grace等

7、模型建模/TOP文件的生成：生物小分子PDB构建、模型及原子类型定义、结构调整

（键长、键角、二面角）生物小分子top结构构建、itp文件建立、拓扑文件生成工具

实战演练：

4、构建一个简单的生物分子体系模型并运行

5、蛋白质、核酸、多肽、溶剂等复杂体系构建

三、建模结果分析

1、模拟结果分析方法整合

2、结构稳定性分析：RMSD、RMSF、PCA等

3、动态行为分析：轨迹可视化、自由体积、扩散系数等

4、相互作用分析：氢键网络、接触面积、界面水分子等

实战演练：

1、模拟轨迹分析：trajectory，sasa，rdf，freevolume等

2、生成拓扑结构和坐标文件：editconf，genconf，pdb2gmx等

3、模拟能量分析：energy，enemat等

4、系统动态结构分析：cluster，confrms，midist等

5、空间分布性质：gyrate，msd，rdf，traj等

6、分子结构分析：hbond，order，principal，spol等

7 7 、 静电作用分析：dielectric，dipoles，potential等

GROMACS在生物体系建模中的应用
四、水溶性蛋白质与配体作用的分子动力学模拟及结果分析

1、配体与蛋白处理：坐标文件与拓扑文件修改

2、模拟过程与参数设置：能量最小化、NVT/NPT平衡、取样策略

3、分子动力学结果分析

实战演练：

1、配体分子的处理、 蛋白结构的处理

2、修改蛋白坐标文件、修改拓扑文件

3、构建盒子并放入溶剂、平衡系统电荷

4、能量最小化、NVT平衡、NPT平衡

5 5 、 模拟结果取样、模拟结果分析：

轨迹文件观察、能量数据作图、计算斜方差、测量回旋半径、计算结构的RMSD值

计算原子位置的根均方波动、计算模拟过程中分子间的氢键的数目、距离或角度

五、生物膜磷脂双分子层生物膜、膜蛋白等建模

1、理解生物膜磷脂双分子层的结构特点

2、膜蛋白的多样性和功能机制

3、使用分子建模技术对生物膜进行建模与模拟的方法

实战演练：

1、磷脂分子结构、双分子层建模

2、模拟水通道（蛋白、多肽等）

3、插入溶剂分子、模拟系统达平衡

4、 分析溶剂分子扩散速率、分子间的氢键的数目、距离或角度

高级进阶模拟分子自由能计算实践
六、自由能计算（伞形采样法为例）

伞形采样法：创建反应路径构型、伞形采样、结合自由能计算

实战演练：

1、创建一系列反应路径分子构型

2、提取模拟间隔质心轨迹

3、模拟每个构型的伞形采样

4、柱状图分析计算结合自由能

5 5 、模拟结果讨论

七、药物分子开发溶剂筛选

1、热力学积分方法：溶剂筛选的理论基础

2、药物分子建模：构建药物在不同相态的模型

3、分配系数计算：理论计算与快速预测方法

实战演练：

4、药物分子溶解在水相，油相和醇相的建模

5、计算不同相态下的分配系数

6 6 、 快速预测药物分配系数