计算密码子频率的代码R语言_密码子使用频率表

密码子使用频率表

密码子使用频率表

在密码子使用频率表工具中，包含了大肠杆菌、酵母菌(巴斯德毕赤酵母与酿酒酵母)、昆虫(草地贪夜蛾)和哺乳动物细胞(人类HEK细胞与黑线仓鼠CHO细胞以及小鼠NSO细胞)等表达系统的密码子使用频率表。选择表达系统并点击下方的“显示密码子使用频率列表”按钮即可以得到对应的密码子使用频率表。

如果您希望得到自己序列的密码子使用频率，请使用密码子使用频率计算工具

Escherichia coli (E.coli)

Pichia pastoris (Yeast)

Saccharomyces cerevisiae (Yeast)

Spodoptera frugiperda (Insect/SF9)

Homo sapiens (Mamalian/HEK)

Cricetulus griseus (Mamalian/CHO)

Mus musculus (Mamalian/NSO)

Rattus norvegicus (Rat)

Nicotiana tabacum (Tobacco)

Sus scrofa (Pig)

Zea mays (Maize)

Arabidopsis thaliana

Caenorhabditis elegans

Drosophila melanogaster

显示密码子使用频率列表

Escherichia coli 密码子使用频率列表来自kazusa数据库

遗传密码子列表: 标准遗传密码表

内容：[三联密码子] [氨基酸] [分数] [频率：每一千] ([数量])

UUU F 0.57 22.2 ( 30462) UCU S 0.15 8.4 ( 11512) UAU Y 0.57 16.1 ( 22037) UGU C 0.44 5.1 ( 7016)

UUC F 0.43 16.5 ( 22705) UCC S 0.15 8.6 ( 11802) UAC Y 0.43 12.2 ( 16795) UGC C 0.56 6.4 ( 8797)

UUA L 0.13 13.8 ( 18894) UCA S 0.12 7.0 ( 9620) UAA * 0.64 2.0 ( 2765) UGA * 0.29 0.9 ( 1249)

UUG L 0.13 13.6 ( 18664) UCG S 0.15 8.9 ( 12210) UAG * 0.07 0.2 ( 321) UGG W 1.00 15.2 ( 20889)

CUU L 0.10 11.0 ( 15082) CCU P 0.16 7.0 ( 9540) CAU H 0.57 13.0 ( 17791) CGU R 0.38 21.0 ( 28866)

CUC L 0.10 11.1 ( 15272) CCC P 0.12 5.5 ( 7490) CAC H 0.43 9.8 ( 13399) CGC R 0.40 22.3 ( 30530)

CUA L 0.04 3.8 ( 5266) CCA P 0.19 8.4 ( 11569) CAA Q 0.35 15.4 ( 21121) CGA R 0.06 3.5 ( 4810)

CUG L 0.50 53.1 ( 72898) CCG P 0.53 23.4 ( 32080) CAG Q 0.65 29.0 ( 39835) CGG R 0.10 5.4 ( 7401)

AUU I 0.51 30.4 ( 41644) ACU T 0.16 8.8 ( 12119) AAU N 0.45 17.6 ( 24106) AGU S 0.15 8.7 ( 11924)

AUC I 0.42 25.2 ( 34568) ACC T 0.44 23.5 ( 32265) AAC N 0.55 21.6 ( 29581) AGC S 0.28 16.1 ( 22067)

AUA I 0.07 4.2 ( 5733) ACA T 0.13 6.9 ( 9452) AAA K 0.76 33.6 ( 46116) AGA R 0.04 2.0 ( 2771)

AUG M 1.00 27.8 ( 38167) ACG T 0.27 14.4 ( 19820) AAG K 0.24 10.3 ( 14174) AGG R 0.02 1.1 ( 1496)

GUU V 0.26 18.2 ( 24991) GCU A 0.16 15.2 ( 20813) GAU D 0.63 32.2 ( 44217) GGU G 0.34 24.7 ( 33875)

GUC V 0.22 15.3 ( 21050) GCC A 0.27 25.7 ( 35252) GAC D 0.37 19.1 ( 26270) GGC G 0.41 29.8 ( 40849)

GUA V 0.15 10.9 ( 14901) GCA A 0.21 20.1 ( 27567) GAA E 0.69 39.7 ( 54431) GGA G 0.11 7.9 ( 10774)

GUG V 0.37 26.3 ( 36108) GCG A 0.36 33.9 ( 46524) GAG E 0.31 18.0 ( 24629) GGG G 0.15 11.0 ( 15115)

Coding GC 51.93% 1st letter GC 59.06% 2nd letter GC 40.67% 3rd letter GC 56.05%

注意：这些数据可能与kazusa数据库中的数据有所不同，因为kazusa在不断更新。