计算CDS中密码子的数量

最新推荐文章于 2024-03-18 10:21:04 发布

msw521sg

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分类专栏： python 文章标签： CDS-密码子

本文链接：https://blog.csdn.net/msw521sg/article/details/69945507

版权

博客内容涉及解析CDS（编码序列）并计算其中的密码子数目，可能与生物信息学和基因序列分析相关。

摘要由CSDN通过智能技术生成

看到一个现金求助的题目：

http://www.timedoo.com/task-id-1194.html

代码如下：

#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-
__author__ = "Sheng-Wei Ma"

from Bio import SeqIO
from collections import OrderedDict

records = (r for r in SeqIO.parse('cds.fa', "fasta"))
count_file = open('cds.count.txt', 'w')
fre_file = open('cds.frequency.txt', 'w')

count_file.writelines('%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\n' % ('name', 'TTT', 'TTC', 'TTA', 'TTG', 'CTT', 'CTC', 'CTA', 'CTG', 'ATT', 'ATC', 'ATA', &