一般的场景可以通过使用 Runtime.getRuntime().exec() 来完成,该命令返回一个 Process 对象实例。
...
String[] cmdArgs = {"Rscript", medreportPath, "-i", destFilePath1, "-o", webRptPath + "/" +runID};//String command = "Rscript " + medreportPath + " -i " + destFilePath1 + " -o " + webRptPath + "/" + runID;
try{
Process process=Runtime.getRuntime().exec(cmdArgs); //调动外部程序
BufferedReader br= new BufferedReader(new InputStreamReader(process.getInputStream(), StandardCharsets.UTF_8)); //获取标准输出
String line;while ((line = br.readLine()) != null) {
System.out.println(line+ "\n");
}
BufferedReader brError= new BufferedReader(new InputStreamReader(process.getErrorStream(), StandardCharsets.UTF_8)); //获取标准错误输出
String lineError;while((lineError = brError.readLine()) != null) {
System.out.println(lineError+ "\n");
}
process.waitFor();
}catch(Exception e) {
e.printStackTrace();
}
...
以 Java 调用 Python 为例
1. 使用 Runtime 类
该方式简单,但是增加了 Java 对python 的依赖,需要事先安装python,及python程序依赖的第三方库
Runtime 使用了单例模式,只能使用 Runtime 的 static 方法获取实例
可以调用 exec() 来执行外部程序,返回 Process 对象实例
public class Runtime extends Object //Runtime 直接继承 Object
public static Runtime getRunTime() //获取 Runtime 实例的 static 方法
public Process exec(...) throws IOException //执行外部程序,exec()有多个重载方法
例子
Java 程序代码
packagejava_python;importjava.io.BufferedReader;importjava.io.InputStream;importjava.io.InputStreamReader;/** 直接使用 Runtime 调用外部程序
* 在Java中通过Runtime调用Python程序与直接执行Python程序的效果是一样的,可以在Python中读取传递的参数,也可以在Java中读取到Python的执行结果。
* 需要注意的是,不能在Python中通过return语句返回结果,只能将返回值写入到标准输出流中,然后在Java中通过标准输入流读取Python的输出值。*/
public classRunPythonByRuntime {public static voidmain(String[] args) {
String exe= "python"; //使用python3 依赖biopython
String command = "C:\\Users\\mail.simcere.com\\eclipse-workspace\\python_test\\test\\test01.py"; //python 脚本路径
String term = "meningitis"; //参数
String[] cmdArr = newString[] {exe, command, term};
Process process;try{
process= Runtime.getRuntime().exec(cmdArr); //执行python程序
InputStream inputStream = process.getInputStream(); //获取python程序的标准输出
BufferedReader bufferedReader = new BufferedReader(new InputStreamReader(inputStream)); //转换为BufferedReader对象实例
String line = null;while((line = bufferedReader.readLine()) != null) { //逐行读入python程序的输出结果
System.out.println(line);
}
process.waitFor();
}catch(Exception e) {
e.printStackTrace();
}
}
}
Python 程序代码
#coding=utf-8
importsysfrom Bio importEntrezfrom Bio importMedline
term = sys.argv[1] #需要外界传入 meningitis
retmax = 5 #控制返回的文献数目
Entrez.email = "771966294@qq.com"handle= Entrez.esearch(db="pubmed", term=term, retmax=retmax)
record=Entrez.read(handle)
handle= Entrez.efetch(db="pubmed", id=record["IdList"], rettype="medline", retmode="text")
records=Medline.parse(handle)
records=list(records)
handle.close()
rst= ""
for record in records: #record 是一个字典
rst += ">\nPMID:" + record.get("PMID", "?") \+ "\nTitle:" + record.get("TI", "?") \+ "\nAuthors:" + ";".join(record.get("AU", "?")) \+ "\nAbstract:" + record.get("AB", "?") \+ "\nKeywords:" + ";".join(record.get("OT", "?")) \+ "\nMesh Terms:" + ";".join(record.get("MH", "?")) \+ "\nJournal:" + record.get("TA", "?") \+ "\nDate of Publication:" + record.get("DP", "?") \+ "\ndoi:" + record.get("SO", "?") \+ "\n"
print(rst)
2. 使用 Jython 需要事先安装 Jython
通过 Jython 可以实现 Java 和 Python 的互相调用,使粒度更加精细,但并没用解决耦合度的问题。
https://www.cnblogs.com/nuccch/p/8435693.html