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Rna-Seq
weixin_39900139
这个作者很懒,什么都没留下…
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转录组RNA-Seq使用docker+bioconda实现分析环境搭建
转录组RNA-Seq使用docker+bioconda搭建分析环境前言近期学习转录组分析,从ncbi下载数据,转成fastq,STAR/hisat2 map到基因组上,使用featureCount拿到表达矩阵文件挺顺利的,就是到了下游分析,开始使用R开始遇到了各种问题。原因是之前一直使用的一个docker 环境是基于ubuntu 16.04的,上面的R版本是3.2.3,在进行下游分析的时候各种R包安装不上,原因也是R版本太旧。经历了各种问题之后终于忍无可忍,决心重新构建一个RNA-Seq的docker原创 2020-10-10 22:04:44 · 1506 阅读 · 4 评论 -
GATK RNA-Seq Snps Indel 分析
这是GATK Best Practice系列学习文章中的一篇,本文尝试使用:Gatk RNA -Seq Germline spns-indels Pipeline 来分析鼻咽癌(NPT)分析流程如下:GATK版本的是这样的数据从NCBI上下载转录组数据,访问链接为:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP058243&o=acc_s%3Aa第一个样本的数据下载链接如下:LocationName Link原创 2020-09-21 17:14:38 · 2146 阅读 · 5 评论