生信可视化
weixin_39900139
这个作者很懒,什么都没留下…
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新冠病毒分型和突变分析(SARS-CoV2_ARTIC_Illumina)
SARS-CoV2 SARS-CoV-2 Illumina 新冠病毒分型和突变分析原创 2022-11-09 17:26:51 · 1070 阅读 · 2 评论 -
重新设计的文件管理器
软件版本:Sliverworkspace 2.0.386439重新设计的文件管理器,大幅提高性能,操作更便捷;支持文件上传、重命名、 移动、删除拖动文件时弹窗等待。Bug修复:修复使用文件管理器服务器节点连接没有及时释放的bug;解决之前前端渲染速度过慢问题,更换底层渲染逻辑。 重新设计的文件管理器 ...原创 2022-05-08 10:46:24 · 198 阅读 · 0 评论 -
生信分析流程设计器校验规则优化
生信分析流程设计器校验规则优化原创 2021-08-31 00:46:07 · 186 阅读 · 0 评论 -
Gatk Germline spns-indels Pipeline 分析遗传病(耳聋)
这是GATK Best Practice系列学习文章中的一篇,本文尝试使用Gatk Germline spns-indels Pipeline来分析遗传病(耳聋)数据这次没有拿到遗传病的室间质评的数据,直接从NCBI上找一些数据来分析。NCBI上搜索deaf,点击第一条搜索结果,最后几经跳转找到数据下载页面:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?study=SRP218677可以看到:Targeted next generation sequencing原创 2020-09-11 14:49:50 · 696 阅读 · 0 评论 -
满分室间质评之GATK Somatic SNV+Indels+CNV+SV(上)
卫计委在2017年,2019年,2020年(还没有答案)提供标准数据用于肿瘤生信分析的室间质评。这样预知结果的数据自然是不能放过了,本文尝试参考GATK Best Practice:Somatic SNVs + Indels ,Cnvkit,Manta的pipeline来完成满分流程分析,也可以使用标准数据反向判断GATK Mutect2的实际准确度,算法优劣。注:本文仅用于学习,距离真正的临床应用还有相当大距离,欢迎大佬批评指正**1. 分析流程概览如下:2. 本文用到的分析系统及分析流程文件原创 2020-07-31 14:02:18 · 3355 阅读 · 1 评论