ligplot java jre_CentOS 6.4 software installation guide

1： Gromacs 的安装

(1) 下载：gromacs(gromacs-4.63.tar)安装包和cmake(cmake-2.8.11.2.tar)安装包。

(2)  安装cmake：    先解压(tar)，然后去解压的目录，依次执行：./configure； make；make install。

(先要安装gcc编译器：yum install gcc*)。

(3)  安装gromacs：先解压(tar)，然后去安装的目录，新建一个build文件夹，进入build文件夹，依次执行：

cmake ..  -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON；   make     ；  make install。

(4)  设置环境变量：在.bashrc文件中加入：export PATH=$PATH:/usr/local/gromacs/bin

备注：其在安装过程中会自动下载并安装fftw。

2：Amber12和AmberTools 13的安装

(1)下载：Amber12.tar.bz2(收费)和AmberTools13.tar.bz2(免费)。

(2)安装前，系统需要先安装flex;gcc; openmpi; flex;g++; libxt-dev; libxext-dev; gfortran; tcsh; libnetcdf-dev; patch; csh; bison; xorg-dev; libbz2-dev。用 yum 安装。

(3)串行安装：a：解压 tar -jxvf Amber12.tar.bz2            -C /home/sh/Programs/

tar -jxvf AmberTools13.tar.bz2  -C /home/sh/Programs/

b：在/home/sh/Programs/Amber12夹中，执行 ./configure -noX11 gnu

c：执行 make install

d：执行  make test

e：在bashrc文件中写入变量和路径：

export AMBERHOME=/home/sh/Programs/Amber12

export PATH=$PATH:$AMBERHOME/bin

(4) 并行安装之 openmpi的安装

a：下载 openmpi-1.6.5.tar.gz

b：解压到/home/sh/Amber/amber12/AmberTools/src

c：写入环境变量：

export MPI_HOME=/home/sh/Amber/amber12/AmberTools

export PATH=$PATH:$MPI_HOME/bin

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MPI_HOME/lib

d：进入AmberTools/src目录，执行./configure_openmpi gnu;  在执行make install

e：进入amber12文件夹

f：执行  ./configure -mpi gnu

make install

g：并行测试 mpirun -np 4  sander.MPI

备注：如果并行运算报错时： cannot connect to local mpd(/tmp/mpd2.console_balay);

possible causes: 1. no mpd is running on this host 2. an mpd is running but was ...

解决方法：

cd $HOME

touch .mpd.conf

chmod 600 .mpd.conf

然后运行 mpdboot即可。

3：VMD的安装方法

(1)  下载VMD(vmd-1.9.1.bin.LINUXAMD64.opengl.tar)。

(2)  安装VMD：a： 先解压vmd-1.9.1.bin.LINUXAMD64.opengl.tar，生成vmd-1.9.1。

b：进vmd-1.9.1文件夹，执行./configure LINUXAMD64

c：进入 src文件夹，执行make install命令。

d：执行命令 vmd 进行测试。

备注：一般安装完成后，如果显卡没有什么问题，vmd会正常打开。如果显卡的驱动存在问题，

vmd可能会出现闪退。请google 解决方法。(用serial >num and serial

4：Coot 软件的安装

(1) 下载coot软件(coot-0.7.0-9.2.x86_64.rpm)。

(2) 安装：rpm安装时提示需要以下几种依赖软件，请下载安装：

a:  refmac-dictionary-5.38-3.1.noarch.rpm

b:  libmmdb0-1.24.2-2.1.x86_64.rpm

c:  libclipper2-2.1.20121002-1.2.x86_64.rpm

d:  libccp4-6.3.0.20121001-2.2.x86_64.rpm

e:  gtkglext-libs-1.2.0-11.el6.x86_64.rpm

f:  gsl-1.13-2.3.x86_64.rpm

g:  freeglut-2.6.0-5.1.x86_64.rpm

h:  coot-reference-structures-0.2008-1.2.noarch.rpm

i: fftw2-2.1.5-52.3.x86_64.rpm

备注：因相关软件具有依赖性，安装顺序不对时会报错。

5: Phenix的安装

(1) 下载phenix软件，需要教育网邮箱注册登录后下载(phenix-installer-1.7.3.tar.gz)。

(2)  phenix 安装：先解压，然后进解压后目录，依次运行：./install；

(3)  设置环境变量：source /usr/local/phenix-1.8.2-1309/phenix_env.sh

6: CCP4的安装

(1)  下载ccp4软件，需要教育网邮箱注册登录后下载(ccp4-6.4.0.1-linux-x86_64.tar)。

(2)  ccp4安装：先解压，然后进解压后目录，依次运行：./BINARY.set-up。

(3)  设置环境变量：在.bashrc 文件中添加：source /home/sh/Programs/ccp4-6.4.0/bin/ccp4.setup-sh

7: Grace 的安装

(1)   首先安装epel。

(2)   安装grace： yum install grace

(3)   测试：运行 xmgrace

备注：如果提示缺少libhdf5_hl.so.6，可以执行yum install hdf5，该软件提供libhdf5.so.7和 libhdf5_hl.so.7，其位于/usr/lib64文件夹中，然后在该文件夹中生成libhdf5_hl.so.6 文件，命令为：cp libhdf5.so.7 libhdf5.so.6；

cp libhdf5_hl.so.7 libhdf5_hl.so.6 。再次运行 xmgrace即可。

8: Autodock 4.2的安装

(1)首先安装mgltools_x86_64Linux2_1.5.6

(1)首先安装tcl 和tk：yum install tcl-devel  ； yum install  tk-devel。

(2)再安装 mgltools：解压mgltools_x86_64Linux2_1.5.6.tar.gz，解压后进入该目录，运行 ./install.sh ，提示

安装成功。

(3)设置环境变量：export PATH=/home/sh/Programs/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/bin:$PATH。

(2)Autodock的安装

(1)将autodocksuite-4.2.5.1-x86_64Linux2.tar 文件解压，后得到 autogrid4和autodock4文件。

(2)将autogrid4和autodock4文件拷贝到 /usr/bin/文件夹中即可。这两个文件最好放入autodock的运行

结果的文件夹中。

9: Modeller的安装

(1)先下载modeller-9.12-1.x86_64.rpm。

(2)安装 rpm -ivh modeller-9.12-1.x86_64.rpm。

(3)注册：先用教育网邮箱注册获得liscense (MODELIRANJE)。然后修改/usr/lib/modeller9.12/modlib

/modeller/config.py

(4)安装python： yum install python

(5)运行：用 python  file.py     或者   mod9.12  file.py  运行脚本。脚本文件可以用vi编辑器编写。

10: Gaussian linux 版本(32bit)的安装

(1)新建一个Gaussian文件夹。

(2)解压 g09-x86.tar.bz2 文件至Gaussian中，生成一个 g09 文件夹。

(3)解压gv-412-Linux-x86.tar.gz  文件至Gaussian中，生成一个gv文件夹。

(4)在g09文件夹中新建一个scratch 文件夹，并修改权限：chmod 777 scratch。

(5)设置环境变量：

export g09root=/home/sh/Gaussian/g09

export GAUSS_EXEDIR=$g09root

export GAUSS_SCRDIR=$g09root/scratch

export GV_DIR=/home/sh/Gaussian/gv

export LIBPATH=/home/sh/Gaussian/gv/lib

export LD_LIBRARY_PATH=$g09root/

export PATH=$PATH:/home/sh/Gaussian/g09:/home/sh/Gaussian/gv

(6)命令行中运行gview 即可。(如需要库文件，通过yum进行安装即可。)

备注：如果g09出错，log文件显示：

Entering Gaussian System, Link 0=g09

Input=1.com

Output=1.log

Files in the Gaussian directory are world accessible.

This must be fixed.

原因是g09文件夹权限太高，如果整个改成777就有可能出这个问题。

解决办法是除了scratch目录以外，均用755或者750(chmod +R 750 g09)等。

11: packmol的安装

下载：packmol.tar.gz

解压：tar -zxvf packmol.tar.gz -C /home/sh/Programs

安装：进入解压后的文件夹，执行 ./configure /usr/bin/gfortran             //没有结果说明

再执行：make                                            //提示安装成功。

运行：先设置环境变量 export PATH=$PATH:/home/sh/Programs/packmol

运行是用命令： packmol < mixture.inp

12: pymol的安装

root 用户下执行：yum install pymol

(备注：pymol打开的文件路径必须是英文的。)

13: rosetta的安装

首先下载 rosetta 3.5 (需用教育网邮箱注册得到license. Academic_User   Xry3x4)

解压：tar -zxvf rosetta3.5_bundles.tgz -C /home/sh/Programs

先安装环境：       yum install scons

yum install subversion

yum install glibc*

yum install gcc*

yum install zlib-devel

yum install pkgconfig

然后进入 rosetta 3.5/rosetta_source文件夹，先执行：scons bin -j4        //(bug 模式)

再执行：scons bin mode=release -j4  //(release 模式)

编译完成后进行检测：scons cat=test

python test/run.py

14:LigPlot的安装

需要下载：Java Runtime environment  :  jre-7u51-linux-x64.rpm 和LigPlus.zip

安装： 先  rpm -ivh jre-7u51-linux-x64.rpm

然后解压 unzip LigPlus.zip

进入LigPlus文件夹，在其中建立一个tmp文件夹

执行：./LigPlus.jar

注意：

(1):打开后需要edit---Program paths 修改其中的temporary directory的位置: /home/sh/Programs/LigPlus/tmp; 添加pymol的位置：/usr/bin/pymol

(2):可以为程序设置快捷方式，在bashrc中 添加: alias ligplot='LigPlus.jar的路径'

15: 输入法安装

当安装centos选择language为english时，安装成功后可能会缺少中文输入法，可以通过以下方法解决：

yum install "@Chinese Support"。安装完成后，会出现input method 选项。可以在其中选择中文输入法。