绘制蛋白-配体2D相互作用工具汇总

一般做完分子对接后需要分析配体结合模式，简洁明了的平面2D图往往是一种不错的呈现方式。DS、薛定谔、MOE都可以很方便地绘制，但它们都是收费的。本期介绍几个可以绘制蛋白-配体2D相互作用的免费工具（网页端、离线端）。

1.网页端

• poseview

登录网址：https://proteins.plus/
可以选择直接输入晶体复合物的PDB ID，也可以分别上传受体和配体的坐标文件（文件准备方式：先进行分子对接，所产生的复合物结构将蛋白和配体分别保存）

2.离线端

• ligplot+

使用前需要配置好java环境，百度一下相关教程很多。
该软件免安装，双击LigPlus.jar即可运行。
打开软件后，依次点击File->Open->PDB file->Browse打开需要分析的复合物文件。

• leview

该软件免安装，双击LeView2.0.exe即可运行。