python alphashape_python - 如何找到二维点云的Alpha形状(凹壳)？ - Ubuntu问答

问题描述

我正在寻找一种可在两个维度上计算alpha形状的实现。我正在运行ubuntu。我更喜欢使用命令行实用程序来执行此任务，但是使用python库也可以。

在Google中，我发现了许多计算alpha形状的实现。但是他们都不输出我想要的东西。作为输入，我有一个二维点的列表(例如，文本文件中每行一对浮点数)。作为输出，我想要另一个具有相同比例尺的二维点列表。

我尝试安装最新的cgal python绑定，但是一段时间以来不支持这些绑定，并且不再在Ubuntu 11.04上编译(我也在Ubuntu 10.04上尝试过并且没有运气)。由Aaron Straup Cope在flickr上开发的项目Clustr也不会在Ubuntu 11.04上编译(可能是因为它也与较早的CGAL库绑定)。

我还从贝尔实验室的Ken Clarkson尝试了this implementation。它几乎输出了我想要的输出，输出似乎在另一个比例上，并且将浮点数转换为整数。

我还尝试了dionysus的python绑定。这些已编译，但是当我将函数fill_alpha2D_complex(points, f)输入点列表时，输出不是我期望的。它不是二维点的列表，而是一个”persistence diagram”，我不知道那是什么意思。

有人知道这个问题的简单解决方案吗？

更新：我想打印出与Alpha形状相关联的点，该点即将不再连接。我认为这意味着“给我与最小alpha值相关的点，以使形状相连。”

更新现在我发现了如何从Ken Clarkson’s implementation中获得我想要的东西，以及从dionysus implementation中(或多或少获得我想要的东西)。克拉克森(Clarkson)的实现做对了，它只是输出点的索引，而不是点本身(与狄俄尼索斯同理)，我需要正确地选择一些标记。我写的包装纸如下。该解决方案是理想的，因为它会产生既连接又不包含孔的Alpha形状。 Alpha是自动设置的。另一方面，狄俄尼索斯(Dionysus)不会自动发现此alpha值。另外，可以将Clarkson的实现设置为输出形状的ps图像(带有-afps标志)。要获取Clarkson的代码以使用non-ancient版本的GCC进行编译，您需要遵循here概述的步骤。以下代码可用作库或独立包装器：

#!/usr/bin/python -O

import sys, os

import subprocess

import tempfile

hull_path = "./hull.exe"

def get_alpha_shape(points):

# Write points to tempfile

tmpfile = tempfile.NamedTemporaryFile(delete=False)

for point in points:

tmpfile.write("%0.7f %0.7f\n" % point)

tmpfile.close()

# Run hull

command = "%s -A -m1000000 -oN < %s" % (hull_path, tmpfile.name)

print >> sys.stderr, "Running command: %s" % command

retcode = subprocess.call(command, shell=True)

if retcode != 0:

print >> sys.stderr, "Warning: bad retcode returned by hull. Retcode value:" % retcode

os.remove(tmpfile.name)

# Parse results

results_file = open("hout-alf")

results_file.next() # skip header

results_indices = [[int(i) for i in line.rstrip().split()] for line in results_file]

# print "results length = %d" % len(results_indices)

results_file.close()

os.remove(results_file.name)

return [(points[i], points[j]) for i,j in results_indices]

if __name__ == "__main__":

points = [tuple([float(i) for i in line.rstrip().split()]) for line in sys.stdin]

for point_i, point_j in get_alpha_shape(points):

sys.stdout.write("%0.7f,%0.7f\t%0.7f,%0.7f\n" % (point_i[0], point_i[1], point_j[0], point_j[1]))

sys.exit(0)

最佳思路

我在dionysus文档中发现了this，它可能会为您提供alpha形状：

complex = Filtration()

fill_alpha2D_complex(points, complex)

alphashape = [s for s in complex if s.data[0] <= .5]

然后，我相信您需要执行以下操作：

for simplex in alphashape:

print [v for v in simplex.vertices]

参考资料