合并多个nc数据_从宏基因组数据集中恢复完整的基因组草图

论文信息

原文标题：Recovering complete and draft population genomes from metagenome datasets

期刊：Microbiome

影响因子：9.365

发表年份：2016年

第一作者：Naseer Sangwan

通讯作者：Jack A. Gilbert

第一单位：Biosciences Division (BIO), Argonne National Laboratory, 9700 South Cass Avenue, Argonne, IL 60439, USA

原文链接：https://doi.org/10.1186/s40168-016-0154-5

编译：张松 云南大学  国际河流与生态安全研究院

摘要

本篇文章，提供了一个将宏基因组重叠群分箱到物种水平的可用方法，并强调了遗传多样性、测序深度和覆盖率是如何影响分箱的。尽管应用于深度测序的复杂宏基因组(例如土壤)的计算成本很高，但跨多个数据集的重叠群覆盖的共同变化模式显著改进了分箱过程。还讨论和比较了当前的基因组验证方法，并揭示了这些方法是如何解决嵌合基因组箱(即来自多个物种的序列)的问题。最后，探索了如何利用种群基因组组装来揭示生物地理趋势和表征原位功能约束对全基因组进化的影响。