1. PCR 引物设计-Primer Primer
Primer Premier 是一款由加拿大的 Premier 公司开发的专业用于 PCR 或测序引物以及杂交探针的设计、评估的软件。其主要界面是分为序列编辑窗口(Genetank),引物设计窗口(Primer Design),酶切分析窗口(Restriction Sites)和 Motif 分析窗口。
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图1 primer-design
Primer Premier 软件的主要功能分四种:引物设计、限制性内切酶位点分析、DNA 基元(motif)查找和同源性分析功能。此外,该软件还有一些特殊功能:简并引物设计,序列"朗读"、DNA 与蛋白序列的互换、语音提示键盘输入等等。
目前最常用的版本是 Primer Primer5.0,新版已更新到6.24且更加智能。其实小编也只是用过比较常规的模板,比如常规 PCR 引物设计。更多的功能还希望同学们多多留言与我一起分享心得。
在这里推荐几个常用的引物设计网站:
① Primer3/Primer3Plus — 使用广泛、操作简单
② Primer-BLAST — NCBI 的引物设计和特异性检验工具
用于在线设计聚合酶链反应(PCR)的特异性寡核苷酸引物,这个工具同时兼具了Primer3 和 NCBI 的 Blast 功能。
③ GeneFis