单基因gsea_最新3分+单基因生信套路拆解，你学会了没

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挑圈联靠解读3+单基因套路文章

大家好，我是我科。今天给大家带来的一篇单基因分析套路的文献拆解，这篇文章2020年发表于International Immunopharmacology，影响因子3.361。题目是 SYT16 is a prognostic biomarker and correlated with immune infiltrates in glioma: A study based on TCGA dat。 本文主要是一篇通过生物信息学的方法，通过单基因分析，进而探讨SYT16在胶质瘤的免疫细胞浸润、通路富集、预后等方面的价值，从而为胶质瘤精准治疗提供一个潜在的预后biomarker。

数据解读 下面我们来进一步通过“挑、圈、联、靠”的思路来解析本文的行文思路。 数据准备：作者通过从TCGA下载低级别胶质瘤(LGG)基因表达counts数据和临床数据，数据一共是0 normal 和529 tumor tissues，然后作者进一步把counts数据进一步转换为和芯片数据类似的。后面的分析主要都是基于SYT16这个基因的高低表达分组。 Table1解析： a是cox单因素分析结果，可以看到age、grade、SYT16表达量是有意义的。 b是cox多因素分析的结果，有预后意义的是grade和SYT16表达量。

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挑：选取SYT16的过程

作者首先介绍了一下LGG的研究现状，以及研究LGG对于glioblastoma治疗的重要性，作者依靠着自己对于钙离子通路的理解，以及发现在胶质瘤中SYT16并没有被很好的研究过，所以选择这个基因作为研究目标，这只是作者写出来的，可能也是批量筛选了一下，然后确实发现