hisat2比对_生信笔记—转录组分析HISAT2

HISAT2是一款快速、敏感的序列比对软件。使用改进的BWT算法，相比Bowtie/TopHat2具有更高的敏感性和更快的运算速度。

官网下载链接：http://www.psc.edu/user-resources/software/hisat2

1. 安装HISAT2

   我采用conda安装，也是最简单的方法

   conda install -c bioconda hisat2

   conda install -c bioconda/label/cf201901 hisat2

   或者从官网下载安装包

   解压：unzip hisat2-2.1.0-beta-Linux_x86_64.zip

   添加环境变量：vim ~/.bashrc

   export PATH=/User/your_path:$PATH

   保存退出：source ~/.bashrc

   建立索引

   建立基因组索引：hisat2-build –p 4 genome.fa genome

   建立基因组+转录组+SNP索引：

   hisat2提供了两个python脚本将GTF文件转换成hisat2-build能使用的文件

   extract_exons.py genome.gtf > genome.exon

   extract_splice_sites.py genome.gtf > genome.ss

   另外，分析SNP可以将其信息加入至索引中。

   extract_snps.py snp.txt > genome.snp

   最后，使用将基因组，转录组，SNP建立索引。

   hisat2-build -p 8 genome.fa --snp genome.snp --ss genome.ss --exon genome.exon genome_snp_tran_index

   不添加转录本和SNP也可以建立

   hisat2-build -p 8 genome.fa genome_index

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