[Exception type: IndexError, raised in _HTSeq.pyx:376] 问题解决

这个问题困惑了我好久。后来在一个偶然的机会下解决了，分享给大家，如果你在使用htseq-count的时候遇到同样的问题。
首先，直接分享这个问题的解决方案。

出现该错误的主要原因是：
（1）这个GTF/GFF3 文件不是常规渠道下载下来的。比如我，是自己仿照UCSC官网上的注释文件的格式，自己“合成”的。
（2）gff文件是1-based，所谓1-based指的是，从1开始的坐标，所以最小值应该是1。而我合成的gtf文档之所以出错的原因是坐标是0-based，最小值是0。

之所以会发现问题的原因在这里，是因为偶然间想要用igv去尝试打开我合成的gtf文档，结果igv在排序的时候报出错误。

故而，此处吐槽一下，觉得htseq-count的错误提示太不近人情了！（虽然，这是一个比较厉害的软件）

解决问题的思路也比较简单，复杂一点，把所有的坐标轴全部加一，或者比较简单一点的，把所有的0调整为1即可。