数据类型与数据结构 文件读写及绘图

1. 数据类型与数据结构

**大部分代码及图片引用自生信技能树

1. 数据类型

数值型 numeric
字符型 character
逻辑型 logical

逻辑型分3种
	TRUE / T
	FALSE / F
	NA

2. 数据结构

1. 向量

向量可以有名字

scores = c(100,59,73,95,45)
names(scores) = c("jimmy","nicker","Damon","Sophie","tony")
scores
scores["jimmy"]
scores[c("jimmy","nicker")]
names(scores)[scores>60]

2. 矩阵

1. 矩阵新建

m <- matrix(1:9, nrow = 3)
colnames(m) <- c("a","b","c") #加列名

2. 矩阵取子集

m[2,3]
m[2:3,1:2]

3. 矩阵的转置和转换

t() #转置
as.data.frame() #转换

4. 矩阵画热图

3. 数据框

1. 数据框来源
   1）用代码新建
   2）由已有数据转换或处理得到
   3）读取表格文件

   注意：数据框不允许重复的行名
   

   4）R语言内置数据

2. 新建和读取数据框

    1）data.frame() 函数
   

df1 <- data.frame(gene   = paste0("gene",1:4),
                 change  = rep(c("up","down"),each = 2),
                 score   = c(5,3,-2,-4))
df1

	2）read.csv() 函数

3. 数据框属性

    1）行、列数
   

dim(df1)
nrow(df1)
ncol(df1)

	 2）行、列名

rownames(df1)
colnames(df1)

4. 数据框取子集

1）按列（取向量）

df1$gene

2）按坐标

df1[2,2]
df1[c(1,3),1:2]

3）按名字

## 按名字
df1[,"gene"]
df1[,c('gene','change')]

4）按条件（逻辑值）

df1[df1$score>0,]
df1$gene[df1$score>0,] #y[x>0],x、y有对应关系

取数据框的最后一列

df1[,ncol(df1)]

取数据框除了最后一列以外的其他列

df1[,-ncol(df1)]

5. 数据框修改

    1）改一个格
   

df1[3,3