Nii切片->2D ndarray灰色图->PIL灰色图->PIL RGB彩色图

一、NII切片切成2D ndarray灰色图

NII为三维医学图像数据,但有时候网络需要2D数据,因此需要对其进行切片,这里最后以np.ndarray保存。

读进来的NII像素值很大,有些上千的,而灰色图数值在0-255,所以在转的时候很容易越界丢失数据,因此这里需要进行归一化,

示例代码:

cbct_subset_path = CBCT_Folder + "/" + str(CBCT_list[subsetindex]) + "/" + str(CBCT_list[subsetindex]) + ".nii.gz"
cbct_src = sitk.ReadImage(cbct_subset_path)
cbct_array = sitk.GetArrayViewFromImage(cbct_src)
for n_slice in range(cbct_array.shape[0]):
        cbct_slice = cbct_array[n_slice,:,:]
        cbct_slice = ((cbct_slice - cbct_slice.min()) / (cbct_slice.max() - cbct_slice.min()))*255
        cbct_slice = cbct_slice.astype("uint8")
        savepath = trainA_Folder + "/" + str(CBCT_list[subsetindex]) + "_" + str(n_slice) + ".npy"
        np.save(savepath,cbct_slice)#(512, 512),dtype('uint8')

二、2D ndarray灰色图 -> PIL灰色图

示例代码:

npout = Image.fromarray(npimage)

三、PIL灰色图->PIL RGB彩色图

示例代码:

rgbout = npout.convert('RGB')

 

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