代谢工程的相关术语

基因组注释

基因组注释(Genome annotation) 是利用生物信息学方法和工具,对基因组所有基因的生物学功能进行高通量注释,是当前功能基因组学研究的一个热点。基因组注释的研究内容包括基因识别和基因功能注释两个方面。基因识别的核心是确定全基因组序列中所有基因的确切位置。从基因组序列预测新基因,现阶段主要是3 种方法的结合: (1) 分析mRNA 和EST数据以直接得到结果; (2) 通过相似性比对从已知基因和蛋白质序列得到间接证据 ; (3) 基于各种统计模型和算法从头预测。

开放

基因同源性分析

1．直bai向同源基因

直向同源基因(orthologous gene)又译为“垂直同源基因du”、“zhi正dao同源基因” 或“定向进化同源基因”、“直系同源基因”，是指从同一祖先垂直进化而来的基因。或者说，一个祖先物种分化产生两种新物种，那么这两种新物种共同具有的由这个祖先物种继承下来的基因就称为直向同源基因。直向同源基因通常是编码生命必需的酶、辅酶或关键性的调控蛋白的基因，具有功能保守，进化缓慢，变化速度可覆盖整个进化历史，且序列变化速度与进化距离相当等特征。大多数直向同源基因功能相同或相近，调控途径也相似， 因此在基因组序列的注释中，是最可靠的选择，例如人α一珠蛋白基因与小鼠α一珠蛋白基因。

2．横向同源基因

横向同源基因(paralogous gene)又译为“旁系同源基因”、“并系同源基因”或“平行进化同源基因”，是指由于基因重复而产生的同源基因例如人γ一珠蛋白基因和β一珠蛋白基因。基因重复后，进化选择压力变小、其中一条基因丢失或发生沉默都是促使横向同源基因分化产生新特性或新功能的原因。然而，虽然某些横向同源基因转录区序列相似度不高，但它们的操纵子却仍然具有较高的保守度。值得注意的是，横向同源基因并不局限于同一物种内，不同物种中由于始祖基因的复制而分化的基因也称横向同源基因，如鼠α一珠蛋白和鸡β一珠蛋白基因。

3．异源同源基因

异源同源基因(xenologous gene)是由于基因在不同物种间的横向转移(horizontal transfer)而产生的。异源同源基因在原核生物中研究比较多。最近研究表明，异源同源基因的原位取代xenolo—gous gene displacement in situ)是细菌进化的强大推动力。另外，在比较真核基因组和原核生物基因组时发现，小部分脊椎动物基因在细菌中有同源序列，而在其他真核生物中却没有发现同源序列。一种解释认为，这些基因从细菌直接水平地转移到脊椎动物的祖先，也是异源同源基因；另外一种解释则认为，是由于其他的真核生物丢失了这些基因。

基因注释和筛选菌株有什么关联呢?

开放读码框（open reading frames, ORF）

在分子生物学中，开放阅读框(Open Reading Frame, ORF)从起始密码子开始，是DNA序列中具有编码蛋白质潜能的序列，结束于终止密码子连续的碱基序列

ribosome profiling sequencing(also called ribo-seq) 核糖体图谱 / 翻译组

翻译组--连接mRNA与蛋白的桥梁（上）_哔哩哔哩 (゜-゜)つロ 干杯~-bilibili

引自[2]

measures mRNA that is associated with ribosomes by sequencing ribosome-protected fragments.

翻译是非常重要的生物学过程，为了获取核糖体瞬时的翻译状态，需要获取其翻译的“足迹”信息。

核糖体足迹（Ribosome footprints,RFs ）定义：
mRNA fragments of ~30 nucleotides that result from nuclease treatment of translating ribosomes. These are mRNA regions that are protected by the ribosome as the mRNA is decoded to a protein sequence.

DNA中的3‘端和5’端

DNA 中 3' 端、 5' 端是指每一条链du来说的。

在DNA分子的每一条链中zhi,磷酸基团那一边属于 5' 端,因为在一个脱氧dao核苷酸中,磷酸连接在脱氧核糖的第5号碳原子上；而—OH端是 3' 端,因为羟基连接在脱氧核糖的第3号碳原子上。

所以DNA分子的两条链都有 3' 端、 5' 端。

外显子、内含子、启动子、终止子、cDNA、

引自[]

外显子:它在剪接(Splicing)后会被保存下来，并可在蛋白质生物合成过程中被表达为蛋白质。外显子是最后出现在成熟RNA中的基因序列，又称表达序列

内含子:断裂基因的非编码序列，可被转录，但在mRNA加工过程中被剪切掉，故成熟mRNA上无内含子编码序列

cDNA：

cDNA是以mRNA为模板,在适当引物的存在下,由mRNA经过反转录而得到的DNA，是mRNA链互补的DNA链，其内部已无内含子等结构，值得说明的是，目前火热的二代测序均是先将RNA反转录组成cDNA再进行测序的。

CDS、ORF

是Coding sequence的缩写，是指编码一段蛋白产物的序列，是与蛋白质密码子一一对应的序列，注意其与mRNA序列的差异ORF是open reading frame的缩写，翻译成开放阅读框，是指从一个起始密码子开始到一个终止密码子结束的一段序列，但并不是所有读码框都能表达出蛋白产物；CDS必定是一个ORF，但也可能包括多个ORF，相反，每个ORF不一定都是CDS。

RNA-seq(RNA sequencing) = RNA的高通量测序技术

https://www. bilibili.com/video/BV1X J411r7bJ?from=search&seid=5168846290168440348

氨基酸->多肽->蛋白质

enzyme commission (EC) numbers ? 酶委员会编号?

a novel secondary metabolite?新的次生代谢物?

wig、bigWig和bedgraph文件详解

http://www. bio-info-trainee.com/18 15.html

原核生物(prokaryotes)

是指一类细胞核无核膜包裹，只存在称作核区的裸露DNA的原始单细胞生物。

核苷酸

一类由嘌呤碱或嘧啶碱基、核糖或脱氧核糖以及磷酸三种物质组成的化合物。又称核甙酸。五碳糖与有机碱合成核苷，核苷与磷酸合成核苷酸，4种核苷酸组成核酸。核苷酸主要参与构成核酸，许多单核苷酸也具有多种重要的生物学功能，如与能量代谢有关的三磷酸腺苷（ATP）、脱氢辅酶等。某些核苷酸的类似物能干扰核苷酸代谢，可作为抗癌药物。根据糖的不同，核苷酸有核糖核苷酸及脱氧核苷酸两类。根据碱基的不同，又有腺嘌呤核苷酸（腺苷酸，AMP）、鸟嘌呤核苷酸（鸟苷酸，GMP）、胞嘧啶核苷酸（胞苷酸， CMP）、尿嘧啶核苷酸（尿苷酸，UMP）、胸腺嘧啶核苷酸（胸苷酸，TMP）及次黄嘌呤核苷酸（肌苷酸，IMP）等。核苷酸中的磷酸又有一分子、两分子及三分子几种形式。此外，核苷酸分子内部还可脱水缩合成为环核苷酸。

转录成mRNA(来自[1])

知乎视频

mRNA到蛋白质的翻译过程(来自[1])

知乎视频 知乎视频

翻译起始位点(TIS,translationinitiationsite)

单位 nt、bp代表什么

1、nt：又叫bai碱基，，是形成核苷的含氮化合物du，核苷又是核苷酸的组分zhi。碱基、核苷和核苷酸等单体构dao成了核酸的基本构件。

2、bp：又叫碱基对，是一对相互匹配的碱基（即A—T， G—C，A—U相互作用）被氢键连接起来。

丰度

（即为该元素在自然体中的丰度abundance of elements）是指一种化学元素在某个自然体中的重量占这个自然体总重量的相对份额（如百分数）

富集(purification)

富集是指某些物质通过水、大气和生物作用而在土壤或生物体内显著积累的作用。

人为富集有几种方法：（1）共沉淀富集法：加沉淀剂于试液中，有沉淀生成，痕量元素随之共沉淀析出，滤出沉淀，并用小体积溶剂溶解，使痕量物质富集。（2）泡沫浮选法，有两种：①离子浮选法。让表面活性剂离子和试液中待富集的痕量离子能生成离子缔合物，这类缔合物有富集在气液界面的倾向。在试液中通入氮气使生成泡沫，痕量离子就能被泡沫浮选。②胶体吸附浮选法。用胶体搜集剂吸附被富集的元素，再加入与胶体带相反电荷的表面活性剂，然后通气浮选。其他富集方法还有离子交换、升华、挥发、蒸馏等方式。

SnapGene软件

Mac:

http://www. ddooo.com/softdown/1296 46.htm#dltab

FASTA:主要是存储序列信息的文件

知乎视频

判断文件存了多少个序列,通过查看FASTA文件里有多少个大于号

参考文献

1、网易公开课 : 生物学

2、核糖体图谱简述

3、CDS、cDNA、ORF等等傻傻分不清