eddy校正

最新推荐文章于 2023-07-22 09:55:15 发布
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分类专栏： 医学图像处理 文章标签： linux
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_40549447/article/details/116995837
版权
这篇博客详细介绍了如何在Linux环境下使用FSL进行eddy校正，包括dcm到nii格式转换、topup应用及eddy的运行。重点讨论了topup产生的磁场估计和eddy的并行计算选项，如OpenMP和CUDA版本的使用。
摘要由CSDN通过智能技术生成

参考目录

  1. 官方文档 https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/eddy/UsersGuide/#Correcting_slice-to-volume_movement_with_eddy
  2. 博主的博客 https://blog.csdn.net/happyhorizion/article/details/79354161
自用版，如有错误请指正。

操作流程

1. dcm转换为nii格式

AP和PA：dcm2nii *.dcm

2. Running topup on the b=0 volumes

fslroi data A2P_b0 0 1 // 生成A2P_b0文件是AP方向的
#fslroi data2 P2A_b0 0 1 // 生成P2A_b0文件是PA方向的
fslmerge -t A2P_P2A_b0 A2P_b0 P2A_b0 //前两个命令将生成一个名为A2P_P2A_B0.nii.gz的文件，其中包含两个b=0卷
printf "0 -1 0 0.0646\n0 1 0 0.0646" > acqparams.txt
//[acqparams.txt的详细解释见](https://fsl.fmrib.ox.ac
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hyhyhyhuan
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专栏目录
【脑神经软件学习】头部矫正遇到的问题及解决
cap_timo博客
07-31 1727
最近被一个问题困扰，在执行Mrtrix3上的头部矫正代码的时候： for_each * : dwifslpreproc IN/dwi_denoised_unringed.mif IN/dwi_denoised_unringed_preproc.mif -rpe_none -pe_dir AP 明明安装了fsl，但是运行结果却是报错（说没有找到 FSL eddy 的指令）： 确实不知道该怎么处理，后来师兄和我说，可以直接使用fsl的eddy_correct函数，在终端里进行矫正，eddy_cor.
EddyMotionCorrection:对dMRI执行涡流和头部运动校正
03-07
涡动校正 用于扩散MRI的纯python涡流和头部运动校正，这是QSIprep的SHOREline算法在多种扩散模型中的扩展。
EddyMotionCorrection:dMRI的开源涡流和头部运动校正
04-12
涡动校正 扩散MRI的开源涡流和头部运动校正，这是SHOREline（Cieslak，2020）到多种扩散模型的扩展。
EPI distortion correction形变矫正, eddy, fieldmap等五种不同方法
auto_star的博客
05-01 1986
diffusion/functional MRI data preprocessing
解决运行eddy_openmp时缺少openBLAS库的问题
errorzhenhe的博客
07-22 425
如果库文件路径没有正确添加，将其添加到环境变量 `LD_LIBRARY_PATH` 中。可以使用系统包管理器（如`apt`、`yum`或`brew`）来安装 OpenBLAS。3. 如果已经安装了 OpenBLAS 库但仍然遇到问题，确保库文件所在的路径正确添加到系统的库搜索路径中。这可能是因为缺少所需的库文件或库文件路径配置不正确。确保将 `/path/to/openblas/lib` 替换为实际 OpenBLAS 库文件所在的路径。2. 在安装了新的库之后，如果系统无法立即找到该库，更新系统的库缓存。
二、WSL2、FSL配置cuda
weixin_45289486的博客
07-26 950
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eddy-squeeze:可视化来自FSL 6.0.1涡流输出的额外信息
05-26
涡流是FSL提供的用于扩散加权图像（DWI）的涡流和头部运动校正工具。 涡流离群值替换 使用高斯过程，Eddy为每个外壳建立一个DWI数据模型。 并使用此模型，可以获得不同B壳层的DWI数据的预测，然后将其用于与获取的...
使用 FSL 和 TrackVis 分析 DTI 数据
weixin_51192938的博客
03-18 3527
使用 FSL 和 TrackVis 分析 DTI 数据弥散加权成像（Diffusion Weighted Imaging, DWI）通过测量水分子的弥散程度来反映水分子所处的组织结构特点，弥散张量成像（Diffusion Tensor Imaing, DTI）通过张量模型来定量地刻画水分子的弥散程度，也是最简单的一种模型。作为初学者，总结一下使用 FSL 和 TrackVis 进行 DTI 数据分析的基。
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06-01
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DTI数据预处理及tbss的批处理代码
xiaoyan_jia的博客
05-31 1600
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08-20 5202
下载、解压 # 使用普通用户torrents su torrents # 下载，解压 wget https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v4.1/openmpi-4.1.1.tar.bz2 tar vxf openmpi-4.1.1.tar.bz2 cd openmpi-4.1.1 配置，安装 sudo ./configure su # 使用所有核进行编译 make -j make install -j 配置环境变量 在Ubun...
fsl预处理
qq_28752595的博客
08-02 1838
#!/bin/bash name=$(find *.nii) #echo ${name%.*} fslroi ${name%.*} b0 0 1 b0=$(find b0.nii.gz) bet2 $b0 nodif_brain -m -f 0.2 eddy_correct ${name%.*} data 0 bvecs=$(find *_bvecs) bvals=$(find *_bvals)...
FSL配置GPU环境运行bedpostx以及probtrackx
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之间因为电脑没有显卡，所以为了加快程序速度，配置了condor作业处理系统，本来处理288方向的数据可能会花上7，8天，4核cpu并行了以后时间降为2天。condor的配置步骤另有介绍。   这里介绍的是配置FSL的GPU环境，FSL wiki官网上也说了FSL bedpostx支持GPU并行计算，不过后来发现probtrackx也可以用GPU跑。   这里主要是两个步骤bedpostx以及p
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更新于2018年12月1日 换了个新环境，又开始了重装系统+重配环境的老路（苦笑） 目前博客正文中的内容都是修正后的，请放心食用~ 更新于2018年3月20日 研究需要就买了块GTX1080，然后就重装了个Linux系统，选择的是Ubuntu16.04。 我自己在配置TF的环境过程中发现网上的教程基本都是17年8月份之前的，而NVIDIA官网更新异常的快，很多教程都不适用，我在安装...
彻底解决CUDA安装_ 被坑的几个要点
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按照要求,安装驱动，安装CUDA,更改安装位置也没问题。照着干你可能已经安装成功了，但为什么你觉得不成功呢？ 2.5.Verify the Installation Before continuing, it is important to verify that the CUDA toolkit can find and communicate correctly with the CUD...
Eddy Effect
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Eddy Effect，也称为涡流效应，是指涡流在导电材料中产生的能量损耗。涡流是一个旋涡状的电流，在电磁感应中非常常见。当导电材料暴露于变化的磁场中时，涡流就会在导体中产生。这些涡流与原始磁场相互作用，从而...
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