MIMIC数据库数据提取教程-提取患者首次入ICU信息

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MIMIC数据库中，一个患者在住院期间往往会多次入ICU，那么如何提取患者首次入ICU的信息？

思路：患者入ICU信息存储在mimic_icu.icustays表中，intime为患者入ICU的时间。我们的思路是根据患者的subject_id分组，然后以intime升序排序，看每行记录对应的是该患者第几次入ICU，最后取第一次入ICU的，即为首次入ICU信息。

用示意图简单表示，比如233患者三次入ICU，我们需要根据入ICU时间intime从小到大生成排名，也就是入ICU顺序。

为了实现这个思路，我们需要用到row_number()排名函数，用SQL实现如下 

 

select subject_id,hadm_id, stay_id, intime, 
row_number() over (PARTITION by subject_id ORDER BY intime) as stay_order 
from mimic_icu.icustays;

这个SQL的意思是：以subject_id分组，每组以intime从小到大排序，生成排名，比如该subject_id下最小的intime所在的这一行，排名设为1。

查询结果如下：

 

接着，我们需要从这个查询的结果中取stay_order=1的，那么如何从这些查询结果中再查询数据呢？有很多种方式都可以实现，比如将上述查询的结果创建成表、物化视图、或者用子查询，这里介绍一个比较优雅的常用的方案，with子句。

with可以将查询结果作为一个临时表，供后续查询复用该临时表，这样可以将复杂的大型查询分解为多次简单查询。

用SQL实现提取首次入ICU信息：

with stay_order_view as (
select subject_id,hadm_id, stay_id, intime, 
row_number() over (PARTITION by subject_id ORDER BY intime) as stay_order 
from mimic_icu.icustays
)
select * from stay_order_view where stay_order = 1

在这里，我们将前文中生成患者入ICU顺序的语句放到stay_order_view这个临时表中，然后从stay_order_view中获取in_order=1的所有数据，查询结果如下，可以看到提取出了患者首次入ICU的stay_id。

然后如果要获取患者首次入ICU的其他信息，只需要用该查询结果中的stay_id或者hadm_id在其他表进行关联查询即可

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