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MIMIC数据库中,一个患者在住院期间往往会多次入ICU,那么如何提取患者首次入ICU的信息?
思路:患者入ICU信息存储在mimic_icu.icustays表中,intime为患者入ICU的时间。我们的思路是根据患者的subject_id分组,然后以intime升序排序,看每行记录对应的是该患者第几次入ICU,最后取第一次入ICU的,即为首次入ICU信息。
用示意图简单表示,比如233患者三次入ICU,我们需要根据入ICU时间intime从小到大生成排名,也就是入ICU顺序。
为了实现这个思路,我们需要用到row_number()排名函数,用SQL实现如下
select subject_id,hadm_id, stay_id, intime,
row_number() over (PARTITION by subject_id ORDER BY intime) as stay_order
from mimic_icu.icustays;
这个SQL的意思是:以subject_id分组,每组以intime从小到大排序,生成排名,比如该subject_id下最小的intime所在的这一行,排名设为1。
查询结果如下:
接着,我们需要从这个查询的结果中取stay_order=1的,那么如何从这些查询结果中再查询数据呢?有很多种方式都可以实现,比如将上述查询的结果创建成表、物化视图、或者用子查询,这里介绍一个比较优雅的常用的方案,with子句。
with可以将查询结果作为一个临时表,供后续查询复用该临时表,这样可以将复杂的大型查询分解为多次简单查询。
用SQL实现提取首次入ICU信息:
with stay_order_view as (
select subject_id,hadm_id, stay_id, intime,
row_number() over (PARTITION by subject_id ORDER BY intime) as stay_order
from mimic_icu.icustays
)
select * from stay_order_view where stay_order = 1
在这里,我们将前文中生成患者入ICU顺序的语句放到stay_order_view这个临时表中,然后从stay_order_view中获取in_order=1的所有数据,查询结果如下,可以看到提取出了患者首次入ICU的stay_id。
然后如果要获取患者首次入ICU的其他信息,只需要用该查询结果中的stay_id或者hadm_id在其他表进行关联查询即可
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