MIMIC-IV-v2.0安装教程

最新推荐文章于 2023-08-31 22:55:21 发布

科研杂录

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分类专栏： mimic数据库数据库挖掘文章标签： sql 数据库 database

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_40563866/article/details/125275013

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一、获取数据库安装代码

目前官方Github还未更新MIMIC-IV-2.0数据库安装代码，很多小伙伴获取数据后不知如何安装。小编根据官方1.0的代码与2.0的更新内容修改了一份2.0版本的代码，在公众号“科研杂录”后台回复“mimic-iv-v2”即可免费获取。

二、安装7-zip、Postgresql和Navicat

如果安装过这几个软件的就可以忽略该步骤。不知道如何安装7-zip、Postgresql和Navicat的小伙伴可以参考小编之前的文章

三、安装MIMIC-IV-2.0数据库

1. 打开SQL Shell

连续回车四下，输入密码

2. 新建数据库

注意：如果之前安装过MIMICIV-1.0的同学，一定要新建一个不同于之前1.0名称的数据库，比如我之前的数据库名叫做mimiciv，那么我这次新建一个mimiciv2，否则会把原来1.0的数据覆盖！

create database mimiciv2 owner postgres;

3. 进入数据库

\c mimiciv2;

4. 设置2.0文件所在路径

注意：所下载的文件需要和官方一样，存在于hosp和icu文件夹下，这里注意不要解压（解压容易丢失数据），保持原来的.gz格式。没有数据的小伙伴可以联系小编。

与1.0一样，根据文件所在路径进行设置，注意斜杠的问题

# 根据实际情况修改路径
\set mimic_data_dir '.../.../mimic-iv-2.0'
# windows最好设置一下编码，也可以尝试不设置
\encoding 'utf8'

5. 运行安装代码

# 创建表，注意修改文件路径，运行时有乱码不用管
\i .../build_mimiciv-2.0/create.sql

 \i .../build_mimiciv-2.0/load_7z.sql

大家熟悉的copy页面来了，还是和之前一样，如果30分钟copy没有新增，那么按下回车然后继续等待，等到29个copy完成，出现mimiciv2字样，数据便导入完成了，最后一步安装完索引即可。

# 安装索引
 \i .../build_mimiciv-2.0/index.sql

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