MIMIC-IV数据库, 如何提取患者入院第一天的全部血乳酸值?

一、 提取PE的实验室指标血乳酸及检测时间

首先我们先找到mimic官方提供的可视化视图, mimiciv_derived

关于这方面不了解的可以看这个回答: MIMIC-IV数据库, 什么是mimiciv_derived可视化视图?

我们先找到mimiciv_derived.bg表, 它主要涵盖血气相关指标:

提取血乳酸及检测时间:

--提取PE的实验室指标血乳酸及检测时间
--提取肺栓塞的名单
with y1 as (SELECT d.subject_id,d.hadm_id
from mimiciv_hosp.diagnoses_icd d
WHERE d.icd_code in ('41519','I2699','41511','41512','I2692','I2690','41513','I2609','I2694','I2602','I2693','67382')
),
--提取肺栓塞病人的人口统计学信息
y2 as (SELECT i.*
FROM y1
INNER JOIN mimiciv_derived.icustay_detail i on y1.subject_id=i.subject_id AND y1.hadm_id=i.hadm_id
)
--提取肺栓塞患者的乳酸
SELECT y2.*,b.lactate,b.charttime
FROM y2
INNER JOIN mimiciv_derived.bg b on y2.subject_id=b.subject_id AND y2.hadm_id=b.hadm_id
WHERE b.charttime BETWEEN mimiciv_derived.DATETIME_SUB(y2.icu_intime, INTERVAL '6' HOUR) AND mimiciv_derived.DATETIME_ADD(y2.icu_intime, INTERVAL '24' HOUR)
AND b.lactate is not NULL  --血乳酸为0的值去除

代码解读:

  1. y1 临时表(子查询):
    1. 从表 mimiciv_hosp.diagnoses_icd 中选择符合条件的数据,条件是 icd_code 列包含在给定的一组符合肺栓塞的诊断代码。

这些代码怎么查出来的呢, 如下

2. y2 临时表(子查询):

    1. 使用前一个 临时表 (y1) 中选择的数据,与表 mimiciv_derived.icustay_detail 进行内连接,以获取进去ICU所有肺栓塞患者的人口统计学信息。

3. 主查询:

    1. 选择 y2 CTE 中的所有列,同时与表 mimiciv_derived.bg 进行内连接,以获取患者的血乳酸及测量时间。
    2. 添加了筛选条件,要求血乳酸的测量的时间 (charttime) 在患者进入 ICU (icu_intime) 的6小时前,及在进入 ICU 后的24小时之内。
    3. 最后,排除血氧饱和度为NULL的记录。

我们在提取ICU的实验室指标如果要求是入ICU24小时内的,就是用这个来限制,只需改动y2即可(改成你临时表链接人口统计学信息表的表名),其他固定表达;

结果:

这里面的官方函数mimiciv_derived.DATETIME_SUB, mimiciv_derived.DATETIME_ADD 可以看我这两篇文章了解:

MIMIC数据提取教程 - 官方提供的时间函数(一)

MIMIC数据库官方函数的安装与使用

二、mimic数据库使用介绍:

MIMIC-IV,重症医学数据库介绍和使用说明

MIMIC数据库下载权限申请保姆级教程(上)

MIMIC数据库下载权限申请保姆级教程(下)

CITI 课程考试补充答案

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MIMIC数据库安装保姆级教程(上)

MIMIC数据库安装保姆级教程(下)

安装常见问题(一)

安装常见问题(二)

MIMIC-IV数据库安装常见问题(三)

MIMIC-IV数据库安装常见问题(四)

MIMIC数据库,常用查询指令SQL基础(一)

MIMIC数据库,常用查询SQL基础(二)

MIMIC数据库提取教程-提取某种疾病下的实验室指标

MIMIC数据库提取教程-提取某种疾病下的患者人口统计学指标

MIMIC数据库官方函数的安装与使用

手把手教会你认识跟安装MIMIC-IV物化视图

【重要】 MIMIC数据集直接下载!

Python连接MIMIC-IV数据库并图表可视化

MIMIC-IV数据库衍生表格mimic_derived配置和使用

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