生物信息学分析 | 物种间的同源基因的批量注释

项目需求：现在以及大鼠的基因若干，想要转换成人类对应的同源基因的名及ID，怎么对应？

解决策略：（几行代码就可以快速解决，感谢R）

#安装好R包
install.packages("homologene")
library(homologene)
homologene::taxData
#Rattus norvegicus:10116  
#Homo sapiens:9606
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setwd("E://")
genes<-read.csv("genes.csv") #输入数据集 #输入的可以是genesymbol名，也可以是ncbi的id
transferdata<-homologene(genes$gene.name,inTax = 10116,outTax = 9606) #转换后得到的是一个四列的矩阵
colnames(transferdata)[1]<-"gene.name"
data<-merge(genes,transferdata,all.x = TRUE)  #合并，取交集，也同时保留原始数据中未对应上的部分 
write.csv(data,"humangene.csv",row.names = F) #写入文件中

在该R包使用过程中，一些经验：
（1）可能并不是所有的基因能够对应上，剩下的可能是数据库中没有，可以自己去NCBI的gene数据中手动一一注释。
（2）有时候小鼠转换到人基因名，似乎只是大小写的问题（这方面的经验未知）。