Bioconductor软件安装与升级

本文已于2019.07.12按新版Bioconductor安装包BiocManager出现的问题进行更新。

 

1 修改安装软件源

BioConductor安装需要下载很多文件，如果不修改，程序很可能是从国外网址下载，速度较慢，修改后可加快下载和安装速度。

Debian类系统可修改 /etc/R/Rprofile.site 文件，找到respos选项修改部分，按需修改成所使用的源。例如：

local({
    r <- getOption("repos")
    r["CRAN"] <- "http://mirror.lzu.edu.cn/CRAN"
    options(repos = r, BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
})

也可以不修改，每次安装程序的时候设置 site_repository 参数即可。

2 新安装BioConductor

新安装适用于完全没有安装过BioConductor软件的系统。有没有安装过BioConductor可通过载入一些软件包检查：

library("BiocVersion")

如果提示软件包载入错误则很可能没有安装过BioConductor。新安装很简单，直接按BioC网址的说明即可：

install.packages("BiocManager")
BiocManager::install()

以上安装的是BioC基本系统，如需安装特定BioC软件包可使用BiocManager的install函数，如安装affy包：

BiocManager::install("affy")

3 升级BioConductor及相关软件包

BioC会定期推出新版本，且R的版本不同能使用的BioC版本也不同。然而，仅按照BioC网址的指导往往不能顺利升级，非常痛苦。其实，方法非常简单。所谓的“绝招”，说破了一文不值：

## 先卸载先前的安装控制程序
remove.packages(c("BiocInstaller", "BiocManager", "BiocVersion"))

## 再安装新版程序
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(update=TRUE, ask=FALSE)

4 使用旧版软件

BioC的软件包和CRAN的R包一样，如果维护不善就会从新版中剔除。如果处于某种原因需要使用旧版的软件，可以通过 install 的version参数指定安装的版本：

BiocManager::install(version="3.8")  ## 当前BioC版本为 3.9