BingdingDB数据库

最新推荐文章于 2024-11-21 12:14:02 发布
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分类专栏： Database 文章标签： Database BindingDB
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BindingDB是一个公开的数据库，专注于药物靶标蛋白质与小分子间的结合亲和力，收录了超过170万条结合数据，涵盖7千多个蛋白靶标及77万个化合物。提供2291个蛋白配体晶体结构，支持高序列同一性蛋白质的研究。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

BindingDB是一个公开的，可通过网络访问的测量结合亲和力的数据库，主要关注被认为是药物靶标的蛋白质与类似药物的小分子之间的相互作用。 BindingDB包含1,735,582个结合数据，涉及7,352个蛋白质靶标和770,124个小分子。 

There are 2291 protein-ligand crystal structures with BindingDB affinity measurements for proteins with 100% sequence identity, and 5816 crystal structures allowing proteins to 85% sequence identity.

www.bindingdb.org/bind

 

药物亲和力相关数据集BindingDB、DAVIS；药物开源数据库源 TDC库
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参考：DAVIS ：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22037378/ ##激酶相关数据库。
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recher_He1107的博客
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我的程序人生
10-29 541
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2.靶点检索：能够通过药品名称、研发企业、靶点、药物类型、适应症、全球研发进度(靶点)、中国研发进度(靶点)等字段信息，检索出目标靶点的基本信息(功能、名称分类、亚细胞位置、疾病与变异、PTM、表达、相互作用、结构、家族、序列亚型、相似蛋白、层级关系、通路图)、全球药物研发数据、全球适应症和企业分析情况、国内品种和企业统计分析等信息。6.靶点数据统计与分析：统计了每个靶点的统计值包含子级的所有数据，可自定义下载，也可自定义多维度动态图表分析（同靶点新药、同靶点适应症、同适应症、同靶点企业）。
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写在开头1.靶点信息数据收集1.1 uniprot生物实验数据收集2.1 PUCHEMchembl 总所周知,科研是基于数据的,数据是基础也同样是目的.但如何全面且详细地回顾和收集世界各地地往期工作就是困扰诸多科研工作的难题.但随着大量公开且庞大数据库的出现,似乎在为我们登上巨人的肩膀铸造了电梯.今天就以个人经验总结了一下如何搭乘这一部电梯.如有不足之处也请大家在评论区补充,感谢~ 本文章全程采用Poly [ADP-ribose] polymerase 1(parp-1)蛋白作为例子进行展示 1.靶点信息数
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