DrugBank数据库Downloads详解（版本5.1.4，2019-7-2）

Drugbank开放数据集是公共域数据集，可以在您的应用程序或项目中自由使用（包括商业用途）。它是根据Creative Common的CC0国际许可证发布的。

在法律允许的范围内，将CC0与药房银行公开数据关联的人放弃了对药房银行公开数据的所有版权和相关或相邻权利。发表于：加拿大。

https://www.drugbank.ca/

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目录

1. Drug Sequences（以Approved为例）

2. Protein identifiers（Approved）

3. target sequences（Approved）

4. External Links → External Drug Links（Approved）

5. External Links → Target Drug-UniProt Links（Approved）

6. External Links → Enzyme/Carrier/Transporter Drug-UniProt Links（Approved）

7. Structures→ Structure External Links （Approved）

8. Complete Database（Full）

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1. Drug Sequences（以Approved为例）

drugbank_approved_drug_sequences.fasta.zip

按下图操作，并下载

下载文件如下所示： 

以drugbank_drug|DB00002 Cetuximab heavy chain为例：https://www.drugbank.ca/drugs/DB00002

可以发现这是一个被批准的药物（Approved drug），是蛋白质类型。

因此，Drug Sequences是蛋白质类药物。

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2. Protein identifiers（Approved）

Protein identifiers include external IDs to resources such as UniProt and PDB. These downloads are divided first by protein/compound type (target, transporter, etc.). Secondly they are divided by drug group (approved, illicit, etc.). Each archive contains 2 files: one for all target/enzyme/transporter/carriers and one with only those marked as pharmacologically active (directly related to the mechanism of action for at least one of the associated drugs). Note that each row in the export CSV file also includes a concatenated list of DrugBank drugs IDs (semi-colon delimited) as the last column.

蛋白质标识符包括uniprot和pdb等资源的外部id。这些下载首先按蛋白质/化合物类型（目标、转运体等）划分。其次，它们按药物类别（批准的、非法的等）划分。每个档案包含2个文件：一个为所有目标/酶/转运蛋白/载体和一个只有那些标记为药理活性（直接相关的作用机制，至少一个相关的药物）。请注意，export csv文件中的每一行还包括一个串联的药库药品id列表（以分号分隔）作为最后一列。

drugbank_approved_target_polypeptide_ids.csv.zip

all.csv, pharmacologically_active.csv

可以发现：左边比右边多了1000+条data（注意：不是全部的蛋白质数据，应该是有相应的drug的）。

• 以ID = 4为例（两个文件都存在的）&