二次开发sklearn包-Kmeans

前言

Kmeans是一种聚类算法，sklearn 也给出了其API，很方便我们调用，关于其API的操作，笔者这里也给出了一个小例子，感兴趣的可以看一下：python_sklearn机器学习算法系列之K-Means(硬聚类算法)_爱吃火锅的博客-CSDN博客

但是我们知道Kmeans算法是基于距离（如欧式距离）作为评判指标进行聚类的，现实中我们的需求千差万别，比如我们的项目可能需要一种新的指标来作为评判指标进行聚类，这时候就需要修改sklearn的部分源码来达到我们的目的

注意本文的最终目的在于：分析如何根据自己的需求修改sklearn源码并加以利用的整个流程

至于本文要修改的是Kmeans，参考本文可扩展到其它源码修改，下面的例子仅供参考

背景需求

笔者要解决的样本类型如下：

import numpy as np
result = np.random.randint(0, 2,(3,10))
print(result)

[[0 1 0 1 0 0 0 0 1 0]
 [0 0 0 0 0 1 0 0 0 1]
 [1 1 1 1 0 1 0 1 0 0]]

这里给出了3个样本，每个样本有10个特征，特征值仅限于0和1

来衡量两个样本之间的密切关系我们不打算采用欧式等距离，而是采用tanimoto相似度

由于tanimoto相似度不是本文重点，这里就不做解释啦，感兴趣的自行百度，笔者这里直接调用的是e3fp包下的tanimoto API

from e3fp.fingerprint.metrics.array_metrics import tanimoto
tanimoto(result)

array([[ 1.        ,  0.        ,  0.28571429],
       [ 0.        ,  1.        ,  0.14285714],
       [ 0.28571429,  0.14285714,  1.        ]])

其返回的是一个矩阵，如这里第一个样本和第三个样本的相似度是0.28571429

所以我们的需求就是想要以tanimoto相似度来作为评判指标

初始源码

首先我们需要下载sklearn 源码：

GitHub - scikit-learn/scikit-learn: scikit-learn: machine learning in Python

笔者这里是下载的压缩包，解压后会得到一个scikit-learn-master文件

下载好后我们要修改的部分在scikit-learn-master\sklearn\cluster文件夹下

其主框架在k_means_.py中，我们接下来的工作就是从这里入手，一步步进行修改

修改源码

首先明白我们需要修改哪些部分，根据kmeans思想，大概包括如下：

一 ：在判断某一个样本属于哪一个类时，这部分我们要改，改的就是其评判指标

二：在更新中心类时，我们要改，因为之前的Kmenas是采用平均值，而这里我们显然不能这样，因为我们最后的类特征中只能是0和1，平均以后可能出现小数，这里的做法是看0和1的个数，比如本类中50个样本，那么我们根据这50 个样本更新中心点是这样做的：先看所有样本的第一个特征，假设有40个样本的第一个特征是1，有10个样本的第一个特征是0，那么我们新更新出来的中心点的第一个特征就是1，依次类推得到新更新中心点的第二，三，四，，，，，的特征值

三 ：中心点的初始化

同时需要主要的是，原始代码中有大量的sparse.issparse来处理稀疏矩阵，很显然当前需要有可能是稀疏的，但是我们不希望有任何的压缩操作，于是我们屏蔽掉了sparse.issparse的代码和相关操作。

在使用sklearn的Kmeans接口中有两个API供我们调用

from sklearn.cluster import MiniBatchKMeans, KMeans

打开k_means_.py，会看到其下有两个类即分别是MiniBatchKMeans, KMeans  那么我们就分别修改这两部分。

（1）KMeans

该类下的fit方法主要就是使用了k_means函数，所以我们着重看一下该函数

该函数下有algorithm参数，根据其不同调用不同的函数，由于笔者的数据量比较大，而且要使用并行化，所以这里就直接将kmeans_single = _kmeans_single_elkan，而不会选择kmeans_single_lloyd两者的区别就是："elkan" for dense data and "full" for sparse data.，所以我们这里直接修改使用 _kmeans_single_elkan即可，接下来就是并行化执行 _kmeans_single_elkan，所以我们来看一下 _kmeans_single_elkan函数：

首先是初始化中心点：

centers = _init_centroids(X, n_clusters, init, random_state=random_state,
                              x_squared_norms=x_squared_norms)

_init_centroids-》_k_init

--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

其中里面用到了euclidean_distances函数，其在scikit-learn-master\sklearn\metrics\pairwise.py中

其参数是X，Y，作用就是计算X和Y的距离，原始计算方法：

 dist(x, y) = sqrt(dot(x, x) - 2 * dot(x, y) + dot(y, y))

这里我们就简单改为tanimoto(X,Y)就好

--------------------------------------------------------------------------------------------------

原来是距离越小越好，现在是相似度越大越好于是如下部分也进行了修改：

接下来主要就是调用了_k_means_elkan.pyx下的k_means_elkan

<1>首先修改每一个样本属于哪一个类的部分源码如下：

    for iteration in range(max_iter):
        if verbose:
            print("start iteration")
			
			
        labels_ = np.argmax(tanimoto(X_,centers_),axis=1).astype(np.int)

说白了就是判断每个样本应该属于哪一类，做法就是遍历每一个类，看样本与其相似度，选择相似度大的那一个类作为自己的label

<2>其次修改更新中心点源码的部分如下：

该部分源码是_k_means.pyx下的_centers_dense函数中完成的，修改如下：

 for center_idx in range(n_clusters):
        center_mask = labels == center_idx			
        length = X[center_mask].shape[0]/2
        centers[center_idx] = np.sum(X[center_mask],axis=0)
        centers[center_idx] = np.array(list(map(lambda x: 1 if x>length else 0, centers[center_idx])))
    return centers

这里的做法是对每一列（特征）进行加和，最后和总长度比较，比如某一特征下有10个样本为1,5个样本是0，那么加和后是10，总长度的一半是7.5，因为10大于7.5，所以我们最后改中心点的该特征值是1

<3>再者修改

      # reassign centers
        centers_ = new_centers
        center_shift_total = np.sum(center_shift)/len(center_shift)
        if center_shift_total  > tol:
            if verbose:
                print("center shift %e within tolerance %e"
                      % (center_shift_total, tol))
            break

当新产生的中心点和旧的中心点相似度过高就可以提前结束迭代了，即差不多收敛了。这里将tol默认值修改为了0.95

_kmeans_single_elkan的最后我们修改了部分如下：

inertia = np.einsum('ii', tanimoto(X,centers[labels]))/X.shape[0]

即所有样本点到其中心的距离和

除此之外还的修改k_means函数最后的 best的点：是最大相似度

best = np.argmax(inertia)

（2）MiniBatchKMeans

看该类下的fit方法

其init继承于KMeans，它的思想就是每次随机取一部分子数据集进行聚类

初始化中心点同上

 if best_inertia is None or inertia > best_inertia:

这里要改为大于，因为我们认为相似度越大越好

接下来就是两个比较重要的函数就是：

_mini_batch_step 和_mini_batch_convergence

其中可以简单将_mini_batch_step看做是当前子数据集上面判断每一个样本从属于哪一个类，以及中心点的更新

_mini_batch_convergence看做是判断是否需要提前停止迭代

先看_mini_batch_step函数：

其下使用_labels_inertia函数来判断每一个样本从属于哪一个类，方法如上，不再解释

中心点更新也同上

计算新旧中心点偏移量

center_shift_total  = np.einsum('ii', tanimoto(old_center_buffer,centers))/old_center_buffer.shape[0]

_mini_batch_convergence函数如下

注意这里的tol就是上面center_shift_total要参考的，因为center_shift_total已经归一化啦，所以这里就没必要使用batch_size进行归一化

  if tol > 0.0 and ewa_diff >= tol:
        if verbose:
            print('Converged (small centers change) at iteration %d/%d'
                  % (iteration_idx + 1, n_iter))
        return True

最后还有一个

        if self.compute_labels:
            self.labels_, self.inertia_ = \
                    self._labels_inertia_minibatch(X, sample_weight)

记得把_labels_inertia_minibatch函数最后改为：

 return np.hstack(labels), np.sum(inertia)/len(inertia)

其他一些细枝末节的东西就不说啦，以上就是最核心的东西

重新编译

现在就需要重新编译啦，笔者的环境是使用的anaconda ,直接打开Prompt，编译即可：

测试

from sklearn.cluster import MiniBatchKMeans, KMeans
import numpy as np
mbk1 = KMeans(init = 'k-means++', n_clusters = 3,verbose = 0,n_jobs=1)
mbk2 = MiniBatchKMeans(init = 'k-means++', n_clusters = 3,batch_size = 11,verbose = 0)
# result = np.random.randint(0, 2,(50,10))
result = np.array([[1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0],
                   [1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1],
                   [1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0],
                   [1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0],
                   [1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1],
                   [0,0,0,0,1,1,0,0,0,0,0,0],
                   [0,0,0,0,1,0,1,0,0,0,0,0],
                   [0,0,0,0,1,1,0,0,0,0,0,0],
                   [0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,0],
                   [0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,1],
                   [0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1]])
print(result)

为了验证效果，我们人为的构造3类数据，从上面也可以清楚的看到前5个样本属于一类，接下来3个属于一类，最后3个属于一类

mbk1.fit(result)
mbk2.fit(result)

print(mbk1.inertia_)
print(mbk2.inertia_)

print(mbk1.cluster_centers_)
print(mbk2.cluster_centers_)

print(mbk1.predict(result))
print(mbk2.predict(result))

from e3fp.fingerprint.metrics.array_metrics import tanimoto
print(tanimoto(result,mbk1.cluster_centers_))
print('--------------')
print(tanimoto(result,mbk2.cluster_centers_))

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