树育发统系物生微归递递归微生物系统发育树

一个不成熟的想法

微生物系统发育树长啥样的呢？
这样

或者是这样

亦或者是这样。哈哈，反正这个不能用好看来形容了。

那那那自己肠道微生物又会是什么样的呢？阿这！

几段不成熟的代码

绘图步骤分为：

1. 将树文件转成字典
2. 根据字典绘制树
3. 根据个人菌群列表过滤字典
4. 绘制个人的小树

将树文件转换成字典

直接借鉴大佬代码，根据metaphlan3提供的树文件，稍微修改了一下。

def parse(newick):
    tokens = re.findall(r"([^:;,()\s]*)(?:\s*:\s*([\d.|\d+\.\d+E\-\d+]+)\s*)?([,);])|(\S)", newick)

    def recurse(nextid = 0, parentid = -1): # one node
        thisid = nextid;
        children = []

        name, length, delim, ch = tokens.pop(0)
        if ch == "(":
            while ch in "(,":
                node, ch, nextid = recurse(nextid+1, thisid)
                children.append(node)
            name, length, delim, ch = tokens.pop(0)
        return {
   "id": thisid, "name": name, "length": float(length) if length else None, 
                "parentid": parentid, "children": children}, delim, nextid

    return recurse()[0]

根据字典绘制树

同样是参考大佬代码，根据自己的需求，稍作修改。大佬画得很漂亮，自己的就很小白了，哈哈。

rom turtle import *
from random import *
from math import *
import re

def tree(t_dict, k