ggplot2作图之系统发育树

编码农夫

已于 2023-04-06 22:15:38 修改

阅读量999

点赞数 2

分类专栏： ggplot2

于 2022-09-24 22:15:05 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_45803246/article/details/127031924

版权

r语言

ggplot2 专栏收录该内容

10 篇文章

订阅专栏

该博客展示了如何利用R语言中的ape库和ggtree包来读取并绘制进化树。首先，通过ape的read.tree函数解析树结构，然后用ggtree进行美化，包括设置树枝长度、排列方式、节点大小和叶节点标签等，最后呈现了两种不同的布局——直立和圆形布局的进化树图。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

library(ape)
tree <- read.tree(text="((((A,B,C,D)),((E,F),(G,H))),(((I,J),(K,L)),(((M,N,O),P))));")

library(ggtree)
ggtree(tree, branch.length = "none",ladderize = TRUE,size=2) + 
  #geom_tiplab(size=5, align=TRUE, linesize=.5,label.offset=1.5) + 
  xlim(0,10)

ggtree(tr = tree,layout="circular")+##### branch.length = "none")+
       geom_tree(size = 2.5)+
         geom_nodepoint(size = 6)+
         geom_tiplab(size = 5)