tag 批量修改dicom_小分子虚拟筛选与分子模拟课程——4.批量小分子对接

上节讲了单个蛋白-小分子用auto dock vina对接，本节介绍批量小分子与蛋白对接，首先要安装软件：

软件安装

在Linux系统下安装mgltools和auto dock vina:

#安装ADT:
tar xzvf mgltools_x86_64Linux2_1.5.6.tar.gz
cd mgltools_x86_64Linux2_1.5.6
sudo bash install.sh
vi ~/.bashrc
alias pmv='/lustre/home/shouli/autodock-vina/mgltools1.5.6/bin/pmv'
alias adt='/lustre/home/shouli/autodock-vina/mgltools1.5.6/bin/adt'
alias vision='/lustre/home/shouli/autodock-vina/mgltools1.5.6/bin/vision'
alias pythonsh='/lustre/home/shouli/autodock-vina/mgltools1.5.6/bin/pythonsh

source ~/.bashrc
#安装autodock vina和auto dock：
##从官网http://autodock.scripps.edu/downloads下载AutoDock vina和Autodock4.2，直接解压即可；

##注意可能会有关于python的软件目录修改：
sudo vi /lustre/home/shouli/course-protease/autodock/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24/prepare_ligand4.py
##该文件第一行改为：
#! /lustre/home/shouli/autodock/mgltools1.5.6/bin/python

软件安装如遇到什么bug,可将报错内容在必应浏览器中搜索，见招拆招~要坚信，没有安装不上的软件；

准备受体pdbq文件：

用auto dock tool打开6lu7_A_chain.pdb（此步可在windows下做）

1. file--read molecule--选择6lu7_A_chain.pdb
2. Edit--hydrogens--add--选择Polar only--点OK
3. Grid--macromolecule--choose--protein--select molecule--OK--保存为6lu7_A_chain.pdbqt文件

设置盒子大小和坐标：

grid--grid box--调整盒子大小和盒子的中心坐标

包括第一个口袋的作用位点的盒子的大小和坐标：

22,30,28

-11.867, 15.851, 68.917

我们用预测的口袋1的氨基酸来定位盒子，具体的定位方法请查看本推送最后面的视频教程；

创建conf_protease.arg, 包括第一个口袋的盒子的大小和坐标：

receptor = 6lu7_A_chain.pdbqt
ligand = fda.pdbqt

center_x =  -11.867
center_y =  15.851
center_z =  68.917

size_x = 22
size_y = 30
size_z = 28

exhaustiveness =16
num_modes = 9
energy_range = 4

准备批量的小分子：

下载ZINC中的FDA数据（mol2格式）：

https://zinc.docking.org/substances/subsets/fda/

截止到2020-5-20：ZINC中FDA获批小分子共1615个

小分子mol2文件拆分，以及转换为pdbqt:

#用Babel软件(https://github.com/openbabel/openbabel/releases/tag/openbabel-3-1-1)
#下载后解压
tar xvf openbabel-3.1.1-source.tar.bz2
cd openbabel-3.1.1
#安装
mkdir build
cd build
cmake3 ..
make -j install
#下载缺失的软件
sudo yum provides  libboost_regex-mt.so.1.53.0
sudo yum install boost-regex-1.53.0

##使用babel
./lustre/home/shouli/course-protease/autodock/openbabel-3.1.1/build/bin/obabel -i mol2 fda.mol2 -o mol2 -O fda.mol2 -m 
##共得到2106个小分子mol2文件

批量创建文件夹，将小分子移到对应编号的文件夹下，对小分子统一命名后，使用auto dock tool将小分子批量转为pdbqt格式文件，再使用auto dock批量对接；

对接后的.log文件移到log文件夹下，使用python脚本调取每个小分子log文件内的亲和力数据，从而得出亲和力排名最前的几个小分子；

下一节，我将介绍如何使用gromacs做小分子和蛋白的模拟，计算小分子与蛋白之间作用力的变化，从而再次确认两者是否有结合；

以上具体的步骤，请到我的微信公众号观看：Bekcy的生活and科研

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